Dear  experts,<br><br>I have a box of pure hexane with density of around 50 SI (size 7nm). With the settings below I get error: <br><br>vol 0.65  imb F  3% step 42100, will finish Fri May 20 18:54:05 2011<br>Warning: 1-4 interaction between 1246 and 1249 at distance 3.580 which is larger than the 1-4 table size 2.250 nm<br>
These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>or with user tables increase the table size<br>Warning: 1-4 interaction between 1249 and 1252 at distance 3.693 which is larger than the 1-4 table size 2.250 nm<br>
These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>or with user tables increase the table size<br><br>A list of missing interactions:<br>
                Bond of   2375 missing      2<br>               Angle of   4500 missing     11<br>      Ryckaert-Bell. of   5625 missing     21<br>               LJ-14 of   5625 missing     15<br><br>Molecule type &#39;Hexane&#39;<br>
the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>      Ryckaert-Bell. atoms    5    8   11   14 global  1245  1248  1251  1254<br>               LJ-14 atoms    5   14           global  1245  1254<br>               Angle atoms    8   11   14      global  1248  1251  1254<br>
      Ryckaert-Bell. atoms    8   11   14   15 global  1248  1251  1254  1255<br>      Ryckaert-Bell. atoms    8   11   14   16 global  1248  1251  1254  1256<br>      Ryckaert-Bell. atoms    8   11   14   17 global  1248  1251  1254  1257<br>
               LJ-14 atoms    8   15           global  1248  1255<br>               LJ-14 atoms    8   16           global  1248  1256<br>      Ryckaert-Bell. atoms    9    8   11   14 global  1249  1248  1251  1254<br>               LJ-14 atoms    9   14           global  1249  1254<br>
<br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun_mpi, VERSION 4.5.4<br>Source code file: domdec_top.c, line: 356<br><br>Fatal error:<br>49 of the 18125 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.25 nm) or the two-body cut-off distance (1.25 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br><br><br><br>mdp file:<br><br>
;        Bonds<br>
constraints             = none                 <br>
constraint-algorithm = lincs          <br><br>;        Run control                    <br>integrator          =  md                    <br>dt                  =  0.001               <br>nsteps              =  500000 ;5000                       <br>
nstcomm             =  100               <br><br>;        Output control<br>nstenergy           =  100                  ; frequency to write energies to energy file. i.e., energies and other statistical data are stored every 10 steps<br>
nstxout             =  100;1             <br>nstvout             =  0<br>nstfout             =  0<br>nstlog              =  1000                 ; frequency to write energies to log file<br>nstxtcout          =  1000                <br>
<br>;        Neighbor searching<br>nstlist             =  10                <br>ns_type             =  grid                <br><br>;        Electrostatics/VdW <br>coulombtype         =  Shift                   <br>vdw-type            =  Shift             <br>
rcoulomb-switch     =  0                   <br>rvdw-switch         =  0.9 ;0                              <br><br>;        Cut-offs<br>rlist               =  1.25               <br>rcoulomb            =  1.0         <br>rvdw                =  1.0                <br>
<br>;        Temperature coupling    <br>Tcoupl              =  v-rescale            <br>tc-grps             =  System <br>tau_t               =  0.1   <br>ref_t               =  300    <br><br>;        Pressure coupling<br>
Pcoupl              =  Parrinello-Rahman          <br>Pcoupltype          =  isotropic               <br>tau_p               =  1                       <br>compressibility     =  4.5e-5 4.5e-5        <br>ref_p               =  10                  <br>
<br>;        Velocity generation              <br>gen_vel             =  yes                 <br>gen_temp            =  300.0                <br>gen_seed            =  173529               <br><br>   <br>When I use constraints for all-bonds and dt of 0.002 compressing the box works well and I get density of above 600 SI which is the actual density of alkane. Can any one help why setting no constraints and dt=0.001 leads to the error message shown above. When no constraints is used PR doesnt work for compressing and berendsen gives desired densty only for high pressures above 50 bar. I need to study my system at different pressures from 10 bar... please comment on this.. Thanks.<br>
<br>

<p class="MsoNormal"><span style="">10 bar</span></p>

<p class="MsoNormal" style=""><span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">;<span style="">           </span>Pressure
coupling</span></p>

<p class="MsoNormal" style=""><span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">Pcoupl<span style="">              </span>=<span style=""> 
</span>berendsen</span></p>

<p class="MsoNormal" style=""><span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">Pcoupltype<span style="">        </span><span style="">  </span>=<span style=""> 
</span>isotropic<span style="">           </span><span style="">      </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style=""><span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">tau_p<span style="">               </span>= <b style=""><span style=""> </span>0.1 </b><span style="">   </span>0.5<span style="">    </span><span style="">     </span><span style="">      </span></span></p>


<p class="MsoNormal" style=""><span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">compressibility<span style="">     </span>=<span style=""> 
</span>4.5e-5 4.5e-5<span style="">            </span> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">ref_p<span style="">               </span>=<span style="">  </span>10<span style="">     </span>10<span style="">      </span></span><span style=""></span></p>


<p class="MsoNormal"><span style=""> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="">does not compress!
With and without constr.</span></p>

<br><br><br>Best,<br>