<br /><br /><span>On 25/05/11, <b class="name">郭漫 </b> &lt;pysgm2010@hotmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:BLU165-W546FA5D1C776E333BDE01CBC740@phx.gbl" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><span><p>

<style>&lt;!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:微软雅黑
}
--&gt;</style>

<table><tbody><tr><td class="hmmessage"><p>
Hello users,<br />I<span id="result_box" lang="en"><span class="hps" title="点击可显示其他翻译"> followed the</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">tutorial</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">steps to do</span></span> umbrella sampling of GROMACS Tutorial, (<span class="short_text" id="result_box" lang="en"><span class="hps" title="点击可显示其他翻译">This is the</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">tutorial</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">site </span></span><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/index.html" target="1">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/index.html</a>) and get the
 PMF is close to -50 kcal/mol. However, when I put amber99sb parameter 
instead of gromos96 53a6 parameter, <span id="result_box" lang="en"><span class="hps" title="点击可显示其他翻译">without changing the</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">other parameters and steps，</span></span>the result is about -35 kcal/mol. I 
don't know why the<span id="result_box" lang="en"><span class="hps" title="点击可显示其他翻译"> difference</span></span>  is so large between them, and i need your help for <span id="result_box" lang="en"><span class="hps" title="点击可显示其他翻译">explaining</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">what is the reason</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">for the difference</span><span title="点击可显示其他翻译">, simply</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">because I</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">changed</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">the </span><span class="hps" title="点击可显示其他翻译">force filed,</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">or some other</span> <span class="hps" title="点击可显示其他翻译">possible causes</span></span>.</p></td></tr></tbody></table></p></span></div></blockquote><br />If all you've changed is the force field, and these simulations are long enough to produce converged measurements, then &quot;welcome to the jungle&quot;. Different force fields have been demonstrated to be good or bad on different types of systems for different types of properties. Choosing the right force field is normally a most important and sometimes the most time-consuming part of doing simulations properly. Read widely, and take good notes.<br /><br />Mark