Hi everybody<br><br>I want to run a EM, but grompp give me this Note:<br><br>  The sum of the two largest charge group radii (0.305345) is larger than<br>  rlist (1.000000) - rvdw (0.900000)<br><br>I have read in the gmx forums, that this is a problem from the designation of charge groups, but I have make the topology with Gromacs pdb2gmx and there is no other molecule, different of protein with standard residues.<br>
Even if I try to run the EM just with the protein in vacuum, the error is the same. <br><br>So the problem cames from pdb2gmx which is not making the correct charge groups assignation from a simple protein.<br><br>But when I use the AMBER ff, this problem dissapear. However, I need to use the GROMOS96 ff (In the future, I want to simulate the protein with a ligand parametrizied with this ff)<br>
<br>I could try to change the rlist/rcoulomb and rvdw, but I think that this is not a real solution.<br><br>Txn for the help<br><br><br clear="all">Felipe Villanelo Lizana<br>Bioquímico<br>Laboratorio de Biología Estructural y Molecular<br>
Universidad de Chile<br>