<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br>I have two questions about using g-helix and g_rotacf<br>On g_helix,<br>1. I have used the following command:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "g_helix -s md.tpr -f md.xtc -n index.ndx -b 10000 -e 20000"<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; In the index file, I have residues 10-20 as my group.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; However, when I ran the above command, I did not have the n-ahx.xvg file.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Did I miss something here?<br>On g_rotacf,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have used the following commands to calculate the order parameters:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; "trjconv -s md.tpr -f noPBC.xtc -o fit.xtc -fit rot+trans" to remove the rotational and <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; translational motion of&nbsp; my protein.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; " g_rotacf -s md.tpr -f fit.xtc -d -n nh - P 2 ". In the index file, it lists all the NH pairs <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; except the N atoms from
 proline. It gave order.xvg and rotacf.xvg.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; In terms of getting the correct order parameters for each NH, are the above 2&nbsp;&nbsp; commands correct?<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Finally, in the manual, it mentions about the triplet, i, j, k. What is the meaning of the <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; triplet?<br><br>Thanks for your insights!<br><br>Simon<br>&nbsp; &nbsp;&nbsp; <br><br></td></tr></table>