Friends,<br>I am a newbie to gromacs, trying to calculate the Schlitters entropy calculation using the following commands.<br><br>g_covar -f  mytraj.xtc  -s  structure.pdb -n index.ndx -b 0 -e 4000 -mwa -ref<br>g_anaeig -entropy  -temp 300<br>
<br>When i used the above commands, i get the Schlitter entropy value for the 4000 frames, but if i use less than 4000 frames, the program does not calculate the entropy value and it shows the following result. This happens irrespective of the region i select from the trajectory or the subset of atoms i choose for the calculation. I am using gromacs version 4.5.3. I have the same problem even with previous version of gromacs.<br>
<br>The Entropy due to the Quasi Harmonic approximation is 14895 J/mol K<br>The Entropy due to the Schlitter formula is nan J/mol K<br><br>Any suggestion on what could be going wront.<br>Bala<br><br>