Dear Justin,<br><br>You said &quot;&nbsp; You can get a per-residue RMSD by using g_rmsf -od to see the effect of the ligand on each residue.&quot;<br>1. Can you explain the difference between what goes into the &ndash;o file, and what goes into the &ndash;od file?<br>
2. How should I create a index file to see the effect of the ligand on each residue? <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">Do I have</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">to create</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">the index</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">file</span><span class="" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">?</span></span><br>
g_rmsf &minus;s run.tpr &minus;f run.xtc &minus;od rmsdev.xvg <br><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">Is this</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">command </span><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">sufficient</span></span> to see the effect of the ligand on each residue?<br>
3. Furthermore, can you suggest the other analysis tools to see the effect of the ligand <u><b>on protein</b></u>?<br><br>Thanks in advance<br><br><div class="gmail_quote">2011/5/28  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">Quoting ahmet y?ld?r?m &lt;<a href="mailto:ahmedo047@gmail.com" target="_blank">ahmedo047@gmail.com</a>&gt;:<br>

<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear users,<br>
<br>
I want to investigate *Ligand effect *on the protein .<br>
To investigation the interaction of protein-ligand:<br>
*RMSD calculations:*<br>
1.<br>
a) RMSD of Backbone<br>
b) RMSD of Backbone+ligand<br>
2.<br>
a) RMSD of Protein<br>
b) RMSD of Protein+ligand<br>
3.<br>
a) RMSD of Protein-H<br>
b) RMSD of Protein-H+ligand<br>
Which one would you recommend ( 1., 2., and 2.choice)?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
Unless the effect of your ligand is very large (i.e., the whole protein is significantly more or less stable in the presence of the ligand), then likely none of these analyses will be particularly illustrative as they are not very sensitive to small changes. &nbsp;You can get a per-residue RMSD by using g_rmsf -od to see the effect of the ligand on each residue. &nbsp;Otherwise, the most common quantity measured is backbone RMSD.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>