Dear users, <br><br>I ran a simulation of a protein in water with rlist = rcoloumb = 1.4nm, <br>rvdw = 1.0nm, with PME and the distance between in the periodic <br>was set to a minimum of 2.0 i.,e distance between protein and cell <br>
edge was set to 1.0nm, Even then, when I ran g_mindist, there was <br>a message stating that  -<br><br>&quot;shortest periodic distance is 1.39714 (nm) at time 21824 (ps),<br>between atoms 2062 and 3688&quot; <br>where 2062 is a protein atom and 21824 is a water molecule.<br>
<br>I wanted to know why this happens in spite of taking care of it<br>earlier. <br><br>what are the consequences, what is the solution?<br><br>Thanking you<br>kavya<br>