Hello Sir,<br><br>  Thanks for your reply sir. I will check to it. <br><br>With regards<br>M. Kavyashree<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 30, 2011 at 4:59 PM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi Kavya,<br>
<br>
There is no way to correct for such things afterwards. But I would<br>
guess it&#39;s not much of a problem in your case. If a situation with a<br>
short distance is only transient, it is unlikely to affect the<br>
simulation. On the other hand, you may have secondary, indirect<br>
effects due to water ordering. Whether that is problematic in your<br>
case is something you&#39;ll have to assess yourself.<br>
<br>
Cheers,<br>
<font color="#888888"><br>
Tsjerk<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
On Mon, May 30, 2011 at 12:24 PM, Kavyashree M &lt;<a href="mailto:hmkvsri@gmail.com">hmkvsri@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hello Sir,<br>
&gt;<br>
&gt; The difference between the rcolumb (1.4nm) and minimum image distance<br>
&gt; that was obtained between two hydrogen HZ2 and HZ3 atoms of 2 lysine<br>
&gt; residues (1.39714nm) is 0.00286nm = 0.0286Ang,<br>
&gt; Since this distance is smaller than bond distance between hydrogen and<br>
&gt; nitrogen which is ~1.0Ang, So will this effect the results of the<br>
&gt; simulations?<br>
&gt; Kindly let me know whether I need to redo the simulation again? or is there<br>
&gt; any way to correct this or can it be ignored?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanking you<br>
&gt; With regards<br>
&gt; M. Kavyashree<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Mon, May 30, 2011 at 10:36 AM, Kavyashree M &lt;<a href="mailto:hmkvsri@gmail.com">hmkvsri@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hello sir,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I had used a dodecahedron cell for simulation. I have run<br>
&gt;&gt; the simulation for 100ns, did you man I have to restart the<br>
&gt;&gt; simulation again?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanking you<br>
&gt;&gt; Kavya<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Sun, May 29, 2011 at 5:40 PM, Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Hi Kavya,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; &quot;shortest periodic distance is 1.39714 (nm) at time 21824 (ps),<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; between atoms 2062 and 3688&quot;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; where 2062 is a protein atom and 21824 is a water molecule.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; 21824 is the time in ps at which the two atoms indicated, 2062 and<br>
&gt;&gt;&gt; 3688, are at the short distance given. You can dump the frame with<br>
&gt;&gt;&gt; trjconv and have a look. Probably your molecule stretched, or you<br>
&gt;&gt;&gt; solvated in a rectangular box and the protein rotated. In the first<br>
&gt;&gt;&gt; case, set a larger distance, in the second, use a rhombic<br>
&gt;&gt;&gt; dodecahedron.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Cheers,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Tsjerk<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt;&gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; post-doctoral researcher<br>
&gt;&gt;&gt; Molecular Dynamics Group<br>
&gt;&gt;&gt; * Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
&gt;&gt;&gt; * Zernike Institute for Advanced Materials<br>
&gt;&gt;&gt; University of Groningen<br>
&gt;&gt;&gt; The Netherlands<br>
&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt;&gt; Please search the archive at<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div>--<br>
<div><div></div><div class="h5">Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>