Hello Sir,<br><br>The difference between the rcolumb (1.4nm) and minimum image distance <br>that was obtained between two hydrogen HZ2 and HZ3 atoms of 2 lysine  <br>residues (1.39714nm) is 0.00286nm = 0.0286Ang, <br>Since this distance is smaller than bond distance between hydrogen and <br>
nitrogen which is ~1.0Ang, So will this effect the results of the simulations?<br>Kindly let me know whether I need to redo the simulation again? or is there <br>any way to correct this or can it be ignored?<br><br>Thanking you<br>
With regards<br>M. Kavyashree<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 30, 2011 at 10:36 AM, Kavyashree M <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hmkvsri@gmail.com">hmkvsri@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hello sir, <br><br>I had used a dodecahedron cell for simulation. I have run<br>the simulation for 100ns, did you man I have to restart the<br>simulation again?<br><br>Thanking you<br>Kavya <br><div><div></div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">
On Sun, May 29, 2011 at 5:40 PM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hi Kavya,<br>
<div><br>
&gt; &quot;shortest periodic distance is 1.39714 (nm) at time 21824 (ps),<br>
&gt; between atoms 2062 and 3688&quot;<br>
&gt; where 2062 is a protein atom and 21824 is a water molecule.<br>
<br>
</div>21824 is the time in ps at which the two atoms indicated, 2062 and<br>
3688, are at the short distance given. You can dump the frame with<br>
trjconv and have a look. Probably your molecule stretched, or you<br>
solvated in a rectangular box and the protein rotated. In the first<br>
case, set a larger distance, in the second, use a rhombic<br>
dodecahedron.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
<br>
--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>