Hello Justin,<br><br>Thanks for the reply.<br>Actually I am using the last frame .gro of a 3 micro-second run CGMD simulation as the input for GridMatMD. But in the thickness plot the positions of the protein depicted are not matching with what I am visualizing through VMD. I suppose this is because of some PBC issue. What -pbc options should I use to generate a proper .gro file to be used as input for GridMatMD?<br>
Thanks a lot again.<br><br>Regards,<br><br>Anirban<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 30, 2011 at 4:40 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
Anirban Ghosh wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi ALL,<br>
<br>
I have simulated a CGMD system consisting of multiple copies of a CG protein in a CG lipid bilayer using the MARTINI FF for the CG definitions. Can I use GridMatMD program to calculate the area per lipid and other properties in this CG system? Which parameters do I need to alter in the input file for GridMatMD in order to properly recognize the CG lipids?<br>

</blockquote>
<br></div>
CG lipids should work like any other - specify their name in the input file, and the atom name that should be used as a reference point.  We have never tested GridMAT-MD with a CG membrane, but it should work the same way as an atomistic membrane.  Please let me know if you encounter any problems.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
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Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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