<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Hi Justin, </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks for the immediate response. I apologize but I don't have with me the mdp and the top files at the moment. But I will have it e-mailed once I get back to my working gromacs computer. </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Yes, as I remember, the [moleculetype] at the bottom of the topol.top was able to identify it as a carbohydrate. In fact, the index.file identified it as a carbohydrate. I borrowed the nvt.mdp from the Lysozyme tutorial authored by you. Thanks. </DIV>
<DIV><BR><BR>--- On <B>Tue, 5/31/11, Justin A. Lemkul <I>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</I></B> wrote:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid"><BR>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<BR>Subject: Re: [gmx-users] Grompp error on index file<BR>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Date: Tuesday, May 31, 2011, 10:09 AM<BR><BR>
<DIV class=plainMail><BR><BR>Mr Bernard Ramos wrote:<BR>&gt; Hi everyone!<BR>&gt;&nbsp; I added a residue on the gromacs 4.5.3 I have. I followed the instructions as indicated in the "Adding A Residue to a Force Field" with this link _<A href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field?highlight=adding+residue_" target=_blank>http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field?highlight=adding+residue_</A>. I added the residue to residuetypes.dat and indicated it as a carbohydrate. The topology in fact was able to write it down as a carbohydrate.<BR>&gt;&nbsp; <BR><BR>Carbohydrates should be grouped into the "other" category; I'm not sure "Carbohydrate" is a recognized type.&nbsp; What do you mean the topology wrote it as a carbohydrate?&nbsp; Is that the [moleculetype] name it was given the topology?<BR><BR>&gt; __<BR>&gt; Generating a topology went well with pdb2gmx, editconf, genbox,
 energy minimization. However, I encountered the following error when I was about to do an NVT equilibration.<BR>&gt;&nbsp; ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; Program grompp, VERSION 4.5.3<BR>&gt; Source code file: readir.c, line: 1316<BR>&gt; Fatal error:<BR>&gt; Group protein not found in indexfile.<BR>&gt; Maybe you have non-default groups in your mdp file, while not using the '-n' option of grompp.<BR>&gt; In that case use the '-n'option.<BR>&gt; ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&nbsp; In response, I created an index file using make_ndx. The index file was able to generate correctly the molecule indices and identified it correctly as indicated in the residuetypes.dat and carbohydrate.rtp<BR>&gt;&nbsp; <BR><BR>Your error does not appear to be
 connected to the carbohydrate at all.&nbsp; The problem appears to be the use of "protein."&nbsp; Capitalization shouldn't matter, so I'm not sure why grompp is complaining.<BR><BR>&gt; And then I tried (again) the following command:<BR>&gt;&nbsp; $ grompp -f nvt.mdp -c molecule.gro -n index.ndx -p topol.top -o nvt.tpr.<BR>&gt;&nbsp; It still generates the same error as above. Please help<BR>&gt; <BR><BR>Please provide your .mdp file and topology, if it is small enough to paste into an email.<BR><BR>-Justin<BR><BR>-- ========================================<BR><BR>Justin A. Lemkul<BR>Ph.D. Candidate<BR>ICTAS Doctoral Scholar<BR>MILES-IGERT Trainee<BR>Department of Biochemistry<BR>Virginia Tech<BR>Blacksburg, VA<BR>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR><A href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target=_blank>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</A><BR><BR>========================================<BR>--
 gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="http://us.mc1615.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <A href="http://us.mc1615.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A><BR></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table>