<HTML dir=ltr><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=unicode">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1649" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV id=idOWAReplyText98641 dir=ltr>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Ah okay. Sorry then.</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>But if its only the atom names that dont match, isn't it worth a try to either name them correctly in the pdb file(maybe via a little script) or to adjust the names in the topology file so they match the pdb? (I know, very simple-hearted question.)</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV dir=ltr><BR>
<HR tabIndex=-1>
<FONT face=Tahoma size=2><B>Von:</B> gmx-users-bounces@gromacs.org im Auftrag von albert<BR><B>Gesendet:</B> Mo 30.05.2011 09:37<BR><B>An:</B> Discussion list for GROMACS users<BR><B>Betreff:</B> Re:AW: Re: [gmx-users] where can I download POPC membrane file?<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV>I know this, but this file cannot be used because the atom name is quite different from gromacs CHARMM36 topol library.<BR><BR>
<DIV></DIV><BR>At 2011-05-30&#65292;"Rausch,&nbsp;Felix"&nbsp;&lt;frausch@ipb-halle.de&gt; wrote:<BR>
<BLOCKQUOTE id=isReplyContent style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">
<DIV id=idOWAReplyText64930 dir=ltr>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Check this link given by another (unknown) mailing list user yesterday (Topic name: <STRONG>about POPC in Gromacs</STRONG>&nbsp;)!</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr><A href="http://terpconnect.umd.edu/%7Ejbklauda/research/download.html">http://terpconnect.umd.edu/~jbklauda/research/download.html</A></DIV></DIV>
<DIV dir=ltr><BR>
<HR tabIndex=-1>
<FONT face=Tahoma size=2><B>Von:</B> <A href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</A> im Auftrag von albert<BR><B>Gesendet:</B> So 29.05.2011 21:23<BR><B>An:</B> Discussion list for GROMACS users<BR><B>Betreff:</B> Re:Re: [gmx-users] where can I download POPC membrane file?<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV>But I don't think it is pre-equilibrium POPC membrane...... and more over, the position from VMD is not pre-aligned with OPM database. It would be a great problem for putting our protein in the membrane...... 
<DIV><BR></DIV>
<DIV><BR></DIV>
<DIV><BR>
<DIV></DIV><BR>At 2011-05-30&#65292;"Sergio&nbsp;Manzetti"&nbsp;&lt;<A href="mailto:sergio.manzetti@vestforsk.no">sergio.manzetti@vestforsk.no</A>&gt; wrote:<BR>
<BLOCKQUOTE id=isReplyContent style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">You can build it using VMD (VIsual Molecular Dynamics)<BR><BR><BR><BR>
<DIV class=gmail_quote>2011/5/30 albert <SPAN dir=ltr>&lt;<A href="mailto:leuven@yeah.net">leuven@yeah.net</A>&gt;</SPAN><BR>
<BLOCKQUOTE class=gmail_quote style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">Dear all:<BR><BR>&nbsp; I would like to use charmm36 and POPC for membrane protein simulation. and I am wondering where can I download charmm36 pre-pribriumed POPC PDB and topol file for gromacs?<BR><BR>Thank you very much<BR>Best<BR><BR>--<BR>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A><BR></BLOCKQUOTE></DIV><BR></BLOCKQUOTE></DIV></DIV></BLOCKQUOTE></DIV></BODY></HTML>