<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    <div class="moz-text-html" lang="x-western">

      <div class="moz-text-flowed" style="font-family: -moz-fixed;

        font-size: 14px;" lang="x-western">Hi all, <br>

        <br>

        I'm trying to run implicit solvent calculations in gromacs 4.5

        with the charmm forcefield.&nbsp; I am able to minimize successfully

        and compile for mdrun, but soon after starting, mdrun complains

        about excessive rotation in LINCS (see the error printed below

        that).&nbsp; I also include my mdp file at the bottom.&nbsp; Can anyone

        advise me as to the possible cause of such errors, as it is

        difficult to diagnose given that grompp worked fine. <br>

        <br>

        --- lincs error --- <br>

        <br>

        Step 1, time 0.002 (ps)&nbsp; LINCS WARNING <br>

        relative constraint deviation after LINCS: <br>

        rms 0.000780, max 0.020692 (between atoms 880 and 881) <br>

        bonds that rotated more than 30 degrees: <br>

        &nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length <br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; 606&nbsp;&nbsp;&nbsp; 607&nbsp;&nbsp; 36.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0527&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080 <br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp; 35.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8972&nbsp;&nbsp; 0.1125&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111 <br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;&nbsp;&nbsp; 616&nbsp;&nbsp; 75.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1054&nbsp;&nbsp; 0.1121&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111 <br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; 880&nbsp;&nbsp;&nbsp; 881&nbsp;&nbsp; 58.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1068&nbsp;&nbsp; 0.1134&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111 <br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; 880&nbsp;&nbsp;&nbsp; 882&nbsp;&nbsp; 50.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9168&nbsp;&nbsp; 0.1121&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111 <br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; 889&nbsp;&nbsp;&nbsp; 890&nbsp;&nbsp; 55.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1066&nbsp;&nbsp; 0.1122&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111 <br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; 889&nbsp;&nbsp;&nbsp; 891&nbsp;&nbsp; 35.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8588&nbsp;&nbsp; 0.1118&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111 <br>

        <br>

        ---- mdp file ------------ <br>

        <br>

        ; title and include files <br>

        title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1EX6-S35P_md1 <br>

        cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cpp <br>

        include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =

        -I/home/yoo2/myusr/gromacs-3.3.3/share/gromacs/top/ -I./ <br>

        define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>

        ; integrator and input/output setting up <br>

        integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md <br>

        nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000000 ; 2 ns <br>

        ;nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000 ; 2 ns <br>

        dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002 <br>

        nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000 <br>

        nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000 <br>

        nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500 <br>

        nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500 <br>

        nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500 <br>

        xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System <br>

        energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System <br>

        comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear <br>

        <br>

        ;implicit solvent <br>

        implicit_solvent = GBSA <br>

        gb_algorithm = Still <br>

        gb_saltconc = 0.15 <br>

        rgbradii = 1.0 <br>

        <br>

        ; neighbor searching and vdw/pme setting up <br>

        nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10 <br>

        ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid <br>

        pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz <br>

        ;rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4 <br>

        rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 <br>

        <br>

        ;coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pme <br>

        coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-Off <br>

        fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 <br>

        pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 6 <br>

        ;rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4 <br>

        rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1 <br>

        <br>

        ;vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = switch <br>

        vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-Off <br>

        rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 <br>

        ;rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2 <br>

        rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1 <br>

        <br>

        ; cpt control <br>

        tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = nose-hoover <br>

        tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System <br>

        tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.4 <br>

        ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0 <br>

        Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = parrinello-rahman <br>

        pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic <br>

        tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 <br>

        compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5 <br>

        ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 <br>

        <br>

        ; velocity &amp; temperature control <br>

        gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes <br>

        gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0 <br>

        annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no <br>

        constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = hbonds <br>

        ;constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = none <br>

        constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs <br>

        ;constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = shake <br>

        morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no <br>

        <br>

        Mike <br>

        <br>

        <div class="moz-txt-sig"><span class="moz-txt-tag">--&nbsp;<br>

          </span>Michael D. Daily, Ph.D. <br>

          Postdoctoral Fellow <br>

          Qiang Cui group <br>

          Department of Chemistry <br>

          University of Wisconsin-Madison <br>

          <br>

        </div>

      </div>

      <br>

      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 

Michael D. Daily, Ph.D.

Postdoctoral Fellow

Qiang Cui group

Department of Chemistry

University of Wisconsin-Madison

</pre>

    </div>

    <br>

    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 

Michael D. Daily, Ph.D.

Postdoctoral Fellow

Qiang Cui group

Department of Chemistry

University of Wisconsin-Madison

</pre>

  </body>

</html>