<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    <div class="moz-text-flowed" style="font-family: -moz-fixed;
      font-size: 14px;" lang="x-western">Hi all,
      <br>
      <br>
      I'm trying to run implicit solvent calculations in gromacs 4.5
      with the charmm forcefield.&nbsp; I am able to minimize successfully
      and compile for mdrun, but soon after starting, mdrun complains
      about excessive rotation in LINCS (see the error printed below
      that).&nbsp; I also include my mdp file at the bottom.&nbsp; Can anyone
      advise me as to the possible cause of such errors, as it is
      difficult to diagnose given that grompp worked fine.
      <br>
      <br>
      --- lincs error ---
      <br>
      <br>
      Step 1, time 0.002 (ps)&nbsp; LINCS WARNING
      <br>
      relative constraint deviation after LINCS:
      <br>
      rms 0.000780, max 0.020692 (between atoms 880 and 881)
      <br>
      bonds that rotated more than 30 degrees:
      <br>
      &nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 606&nbsp;&nbsp;&nbsp; 607&nbsp;&nbsp; 36.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0527&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp; 35.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8972&nbsp;&nbsp; 0.1125&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;&nbsp;&nbsp; 616&nbsp;&nbsp; 75.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1054&nbsp;&nbsp; 0.1121&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 880&nbsp;&nbsp;&nbsp; 881&nbsp;&nbsp; 58.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1068&nbsp;&nbsp; 0.1134&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 880&nbsp;&nbsp;&nbsp; 882&nbsp;&nbsp; 50.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9168&nbsp;&nbsp; 0.1121&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 889&nbsp;&nbsp;&nbsp; 890&nbsp;&nbsp; 55.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1066&nbsp;&nbsp; 0.1122&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 889&nbsp;&nbsp;&nbsp; 891&nbsp;&nbsp; 35.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8588&nbsp;&nbsp; 0.1118&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1111
      <br>
      <br>
      ---- mdp file ------------
      <br>
      <br>
      ; title and include files
      <br>
      title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1EX6-S35P_md1
      <br>
      cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cpp
      <br>
      include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
      -I/home/yoo2/myusr/gromacs-3.3.3/share/gromacs/top/ -I./
      <br>
      define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
      <br>
      ; integrator and input/output setting up
      <br>
      integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md
      <br>
      nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000000 ; 2 ns
      <br>
      ;nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000 ; 2 ns
      <br>
      dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002
      <br>
      nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000
      <br>
      nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000
      <br>
      nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500
      <br>
      nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500
      <br>
      nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500
      <br>
      xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System
      <br>
      energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System
      <br>
      comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear
      <br>
      <br>
      ;implicit solvent
      <br>
      implicit_solvent = GBSA
      <br>
      gb_algorithm = Still
      <br>
      gb_saltconc = 0.15
      <br>
      rgbradii = 1.0
      <br>
      <br>
      ; neighbor searching and vdw/pme setting up
      <br>
      nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10
      <br>
      ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid
      <br>
      pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz
      <br>
      ;rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4
      <br>
      rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0
      <br>
      <br>
      ;coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pme
      <br>
      coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-Off
      <br>
      fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1
      <br>
      pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 6
      <br>
      ;rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4
      <br>
      rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1
      <br>
      <br>
      ;vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = switch
      <br>
      vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-Off
      <br>
      rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0
      <br>
      ;rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2
      <br>
      rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.1
      <br>
      <br>
      ; cpt control
      <br>
      tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = nose-hoover
      <br>
      tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System
      <br>
      tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.4
      <br>
      ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0
      <br>
      Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = parrinello-rahman
      <br>
      pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic
      <br>
      tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0
      <br>
      compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5
      <br>
      ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0
      <br>
      <br>
      ; velocity &amp; temperature control
      <br>
      gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes
      <br>
      gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0
      <br>
      annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no
      <br>
      constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = hbonds
      <br>
      ;constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = none
      <br>
      constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs
      <br>
      ;constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = shake
      <br>
      morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no
      <br>
      <br>
      Mike
      <br>
      <br>
      <div class="moz-txt-sig"><span class="moz-txt-tag">--&nbsp;<br>
        </span>Michael D. Daily, Ph.D.
        <br>
        Postdoctoral Fellow
        <br>
        Qiang Cui group
        <br>
        Department of Chemistry
        <br>
        University of Wisconsin-Madison
        <br>
        <br>
      </div>
    </div>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Michael D. Daily, Ph.D.
Postdoctoral Fellow
Qiang Cui group
Department of Chemistry
University of Wisconsin-Madison
</pre>
  </body>
</html>