Hi,<div><br></div><div>I want to dock a barrel protein with phosphate ion , to look for the sites where Phosphate ion binds... I searched the gmx list but I didn&#39;t find much related threads..</div><div>I want to do the following things...</div>
<div>1) Simulate the binding of phosphate ion with a barrel protein. Here I do not know where does the ions binds and thats what I want to find through simulation..</div><div>2) After getting the site , I want to look for the binding affinities between the predicted sites..</div>
<div><br></div><div>I want to know how shall I approach this.. since I don&#39;t know how many ions I have to simulate with the protein..Can anybody help or refer to some paper??</div><div><br></div><div>Regards<br clear="all">
<br>-- <br>Bharat<br><br>
</div>