Maybe you think it is a simple scrips, but for those fresh GROMACS user such as me, it would be a very difficult task. <br><br>Anyway, thanks a lot for the messages.<br><div></div><br><pre><br>At&nbsp;2011-06-01£¬"Thomas&nbsp;Piggot"&nbsp;&lt;t.piggot@soton.ac.uk&gt;&nbsp;wrote:

&gt;In&nbsp;addition&nbsp;to&nbsp;all&nbsp;the&nbsp;other&nbsp;responses,&nbsp;I&nbsp;just&nbsp;wanted&nbsp;to&nbsp;clear&nbsp;up&nbsp;why
&gt;there&nbsp;is&nbsp;this&nbsp;difference&nbsp;in&nbsp;names.&nbsp;The&nbsp;POPC&nbsp;structure&nbsp;from&nbsp;the&nbsp;link
&gt;below&nbsp;still&nbsp;has&nbsp;the&nbsp;atom&nbsp;names&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;old&nbsp;CHARMM27&nbsp;lipids&nbsp;(DPPC&nbsp;is
&gt;fine).&nbsp;As&nbsp;suggested,&nbsp;a&nbsp;simple&nbsp;script&nbsp;can&nbsp;do&nbsp;the&nbsp;conversion&nbsp;for&nbsp;you.
&gt;
&gt;Cheers
&gt;
&gt;Tom
&gt;
&gt;albert&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;know&nbsp;this,&nbsp;but&nbsp;this&nbsp;file&nbsp;cannot&nbsp;be&nbsp;used&nbsp;because&nbsp;the&nbsp;atom&nbsp;name&nbsp;is&nbsp;quite&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;different&nbsp;from&nbsp;gromacs&nbsp;CHARMM36&nbsp;topol&nbsp;library.
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;At&nbsp;2011-05-30£¬"Rausch,&nbsp;Felix"&nbsp;&lt;frausch@ipb-halle.de&gt;&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Check&nbsp;this&nbsp;link&nbsp;given&nbsp;by&nbsp;another&nbsp;(unknown)&nbsp;mailing&nbsp;list&nbsp;user
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;yesterday&nbsp;(Topic&nbsp;name:&nbsp;*about&nbsp;POPC&nbsp;in&nbsp;Gromacs*&nbsp;)!
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://terpconnect.umd.edu/~jbklauda/research/download.html
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;http://terpconnect.umd.edu/%7Ejbklauda/research/download.html&gt;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;------------------------------------------------------------------------
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;*Von:*&nbsp;gmx-users-bounces@gromacs.org
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org&gt;&nbsp;im&nbsp;Auftrag&nbsp;von&nbsp;albert
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;*Gesendet:*&nbsp;So&nbsp;29.05.2011&nbsp;21:23
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;*An:*&nbsp;Discussion&nbsp;list&nbsp;for&nbsp;GROMACS&nbsp;users
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;*Betreff:*&nbsp;Re:Re:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;where&nbsp;can&nbsp;I&nbsp;download&nbsp;POPC&nbsp;membrane&nbsp;file?
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;But&nbsp;I&nbsp;don't&nbsp;think&nbsp;it&nbsp;is&nbsp;pre-equilibrium&nbsp;POPC&nbsp;membrane......&nbsp;and&nbsp;more
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;over,&nbsp;the&nbsp;position&nbsp;from&nbsp;VMD&nbsp;is&nbsp;not&nbsp;pre-aligned&nbsp;with&nbsp;OPM&nbsp;database.&nbsp;It
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;would&nbsp;be&nbsp;a&nbsp;great&nbsp;problem&nbsp;for&nbsp;putting&nbsp;our&nbsp;protein&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;membrane......
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;At&nbsp;2011-05-30£¬"Sergio&nbsp;Manzetti"&nbsp;&lt;sergio.manzetti@vestforsk.no
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;mailto:sergio.manzetti@vestforsk.no&gt;&gt;&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;You&nbsp;can&nbsp;build&nbsp;it&nbsp;using&nbsp;VMD&nbsp;(VIsual&nbsp;Molecular&nbsp;Dynamics)
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2011/5/30&nbsp;albert&nbsp;&lt;leuven@yeah.net&nbsp;&lt;mailto:leuven@yeah.net&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Dear&nbsp;all:
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I&nbsp;would&nbsp;like&nbsp;to&nbsp;use&nbsp;charmm36&nbsp;and&nbsp;POPC&nbsp;for&nbsp;membrane&nbsp;protein
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;simulation.&nbsp;and&nbsp;I&nbsp;am&nbsp;wondering&nbsp;where&nbsp;can&nbsp;I&nbsp;download&nbsp;charmm36
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;pre-pribriumed&nbsp;POPC&nbsp;PDB&nbsp;and&nbsp;topol&nbsp;file&nbsp;for&nbsp;gromacs?
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Thank&nbsp;you&nbsp;very&nbsp;much
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Best
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;--
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users@gromacs.org
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Please&nbsp;search&nbsp;the&nbsp;archive&nbsp;at
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search&nbsp;before
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&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;
&gt;--&nbsp;
&gt;Dr&nbsp;Thomas&nbsp;Piggot
&gt;University&nbsp;of&nbsp;Southampton,&nbsp;UK.
&gt;--
&gt;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users@gromacs.org
&gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
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</pre>