Hello All,<br><br><br>I am trying to solvate a protein sitting in a dodecahedron using genbox.<br>It gets solvated but a box of solvent is created around the protein.<br>I want the protein to be sitting in a dodecahedron filed with solvent.<br>
<br><br>I used the following commands:<br><br>editconf -f onlyhis.gro -bt dodecahedron -box 9 -d 1 -o dodec.gro<br>genbox -cp dodec.gro -cs mix.gro -o solv.gro<br><br><br>I have never used this utility of creating a docecahedron nor I could find a way to view the dodecahedron shae in VMD.<br>
Am I going wrong?<br><br><br>Thanks,<br>SN<br>