<div dir="ltr"><br clear="all">

<p class="MsoNormal"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">Dear Gromacs
users,</span></p>

<p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">What type of conversion of coordinates is
better to use?</span></p>

<p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">I have got 100 ns MD simulations for unmodified
ubc7 protein and ubiquitinated ubc7 protein and converted it&#39;s trajectories by
using trjconv and g_filter:</span></p>

<p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">        
1.<b>trjconv</b> -s md100ns.tpr -f traj.xtc -o traj_noPBC_nojump.xtc -pbc
nojump -ur
compact -dt 100</span></p>

<p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">        
2. <b>g_filter</b> -f traj.xtc -s md100ns.tpr -oh highpass.xtc -nojump -b 25000
-dt 100 -fit -n calpha.ndx</span></p>

<p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">I tried RMSF analysis for both variants.</span></p>

<p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">In <b>trjconv</b> there are strange jumps (3, 4.5
angstroms) of residues 21, 45, 100, etc. Most of these residues are within
loops. It seems normal, that they move more than others. But 4.5 angstroms – is
it ok?</span></p>

<p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">As I understand <b style="mso-bidi-font-weight:
normal">g_filter</b> is used more to make good movies, but without it I get strange
RMSF. </span></p>

<p style="margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt"><span style="mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US">Can I use g_filter instead of using trajconv or
after trajconv? </span></p>



<br>-- <br><div dir="ltr"><p style="margin-bottom:0in">Sincerely,</p>
<p style="margin-bottom:0in">Yulian Gavrilov 
</p></div><br>
</div>