Dear users,<br><br>     I have some basic doubts regarding analysis of data:<br><br>1.  Can the .xtc file from MD be used directly for analysis<br>     without applying -pbc nojump or mol option? [I had <br>     asked the same question before but was not clear <br>
     with the answer.<br><br>2.  While calculating the RMSIP (root mean square inner<br>    product) suppose the 10 eigen vectors in one simulation<br>    is not in the same order as in the second simulation ie.,<br>    the first ranked eigen vector in one simulation is equivalent <br>
    to second ranked eigen vector in another simulation<br>    being compared - How can this ambiguity be taken care of?<br><br>3. Before comparing two ED simulations is it required to align<br>    all the structures to only one initial structure? As the orientation <br>
    of the two initial structures may differ? <br><br>4. Kindly provide a clear protocol for the essential dynamics <br>    analysis of 4 proteins with different sequence length and <br>    sequence similarity. but the native structures superpose <br>
    very well 3 dimensionally.<br><br>Thanking you<br>With Regards<br>M. Kavyashree<br><br><br><br>