<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br><br>--- On <b>Sat, 11/6/11, vidhya sankar <i>&lt;scvsankar_agr@yahoo.com&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">From: vidhya sankar &lt;scvsankar_agr@yahoo.com&gt;<br>Subject: reg SA  cum  SMD<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Saturday, 11 June, 2011, 10:10 AM<br><br><div id="yiv37077372"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top">Dear justin., Thank you for your reply<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can i combine Simulated annealing protocol with SMD . if possible what Time factor should i&nbsp; consider to avoid Clashes in Md simulation i am asking whether any relation between time of pulling and time of annealing
 should i have awareness ?&nbsp; when setting&nbsp; input files<br><br>Thanks in Advance<br></td></tr></tbody></table></div></blockquote></td></tr></table>