<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear justin., Thank you tfor your reply<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can i combine Simulated annealing protocol with SMD . if possible what Time factor should i&nbsp; consider to avoid Clashes in Md simulation i am asking whether any relation between time of pulling and time of annealing should i have awareness ?&nbsp; when seeinf input files<br><br>Thanks in Advance<br></td></tr></table>