Dear Justin<br>
<br>
Thanks for your attention<br>
<br>
My problem was solved.<br>
<br>
I have a new question. as I said my goal is superposition of averaged md structure and x-ray structure.<br>
<br>
My simulation is 5 ns. How to obtain the MD structure average for the period 1.5–5 ns? what command?<br><h1></h1>
<br clear="all"><br>-- <br><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Leila Karami<br>Ph.D. student of Physical Chemistry<br>K.N. Toosi University of Technology<br>Theoretical Physical Chemistry Group</pre><br>