<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear mark,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am Typing&nbsp; the Literature Word, as such<br><span style="font-weight: bold;">Although the PME is prefered way to treat Long rang electrostatic interaction<br>&nbsp;it was not used Here Since the overall Charge of Solvated system Had non zero value (-12) Also counter ion usually NA+ and CL- added to Neutralize the system Would interfere the system.The Non bonded interaction were treated using a set of Cutoffs .Distance Cutoff in generating the list of pairs was set to 12.0 Amstrong .<br>At 11 Amstrong the switching function Eliminated&nbsp; all the contribution to the overall energy&nbsp; from pairwise interactions&nbsp; At.10 Amstrong the smoothing function began to reduce pair's contribution</span><br><br>How could i implement the above protocol
 for my system in&nbsp; .mdp file <br>I am expecting your reply.<br>Thanks in advance<br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br></td></tr></table>