Dear Sir,<br> 
<br>
<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
What does gmxcheck tell you about the .edr file that is giving weird results? Do the plots look normal?  Perhaps a frame got corrupted somewhere along the way.  The screen output should print how many frames were considered in the analysis; if it does not match your expectations based on nstenergy and the length of the simulation then something went wrong.</blockquote>
<div><br>gmxcheck gave proper number of frames corresponding to 100ns, other plots <br>temp, pressure, volume, density look fine<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

Most analyses do not need re-imaging.  Keeping the protein within the confines of one unit cell is typically just a convenience for visualization.<font color="#888888"><br></font></blockquote><div><br>Ok. <br></div></div>
<br>I had done simulations of four similar protein using the same mdp file. in one of them<br>the minimum distance between the periodic images went near 0.9nm, I had used 1.0nm<br>as distance between protein atoms and box wall. and cut offs were 1.0nm for vdw and 1.4nm<br>
for columb. Till some 17ns the minimum distance was above 2nm the gradually there was a<br>dip after around 20-25ns. Now I ran 100ns simulation and I have to discard this trajectory <br>because of this error. I thought distance of 2nm between protein atoms was enough as 1.4nm<br>
was the max cutoff.<br><br>How can we know prior to starting the simulation that we may get some such errors for using<br>such a parameter. I could have used larger box size but it will increase the time. Is it trial and <br>
error basis to find out the optimum box size?<br><br>Thank you<br>With regards<br>M. Kavyashree<br><br><br>