Dear GMXers,<br><br>I&#39;m trying to compute the PMF of a molecule along the centerline of a nanotube (the axial direction of the nanotube is parallel to the z axis).<br>The nanotube is used as the reference group and the molecule as the pulling group.<br>
<br>pull_geometry   = position<br>pull_dim        = Y Y Y<br>
pull_start      = no       <br>pull_init1      = 0 0 1.2<br>pull_rate1      = 0.00   <br>pull_k1         = 1000   <br>pull_nstxout    = 1000<br>
pull_nstfout    = 1000<br><br><div class="gmail_quote"><br>&quot;pull_dim=Y Y Y&quot; is used to make sure that the molecule is always close to the centerline of the nanotube.<br>From the output of &quot;pullx.xvg&quot;, the COM positions in all three directions (i.e. x,y,z) are included. <br>
How to get the PMF only along z axis from here? Is it OK if I just take the corresponding z column and do g_wham directly?<br><br>Thank you.<br><br>Best,<br>Yanbin<br>
</div>