Dear Mark,<br />
<br />
 Thanks for the reply!<br />
<br />
I am using the same NPT conditions except time constants. <br />
The simulation was performed at constant temperature (300K) <br />
and pressure(1 bar) using velocity rescaling algorithm (tau=0.1 ps) <br />
for temperature coupling and Berendsen coupling <br />
scheme (tau=1 ps) for pressure coupling whereas the in the references the system was coupled to bath of constant temperature (300K) and pressure (1 bar) using time constants tau=0.4 ps for temperature coupling and taup=0.4 ps for pressure coupling.<br />
Does it is making difference in calculated and reported values?<br />
I am using LINCS algorithm to keep the geometries of all the molecules <br />
rigid. Other conditions are exactly same.<br />
 <br />
To see the size effect on the system,<br />
I have also done the same calculations with 8000 molecules but result is same i.e. Water P.E=-46.7 kJ/mol.<br />
<br />
Please clarify this issue.<br />
<br />
Best Regards,<br />
Rini<br />
<br />
On Tue, 14 Jun 2011 08:13:39 +0530  wrote<br />
>On 14/06/2011 4:18 AM, Rini Gupta wrote:<br />
<br />
> Dear gmx-users,<br />
<br />
><br />
<br />
> I am using GROMACS 4.5.4 to run a pure water system using SPC/E model<br />
<br />
> containing 32000 molecules. I have done the equilibration for 2 ns <br />
<br />
> followed by production run of 5 ns using NPT ensemble at 300K.<br />
<br />
> I am using PME for treating electrostatic interactions (cut-off 0.9 nm).<br />
<br />
> My question is Potential Energy of the system I am getting is -46.7 <br />
<br />
> kJ/mol while literature value is -41.5 kJ/mol.<br />
<br />
> Can anyone please tell me why this discrepancy is coming?<br />
<br />
<br />
<br />
PE is size- and method-dependent. Are you reproducing the conditions <br />
<br />
exactly?<br />
<br />
<br />
<br />
Mark<br />
<br />
-- <br />
<br />
gmx-users mailing list  gmx-users@gromacs.org<br />
<br />
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br />
<br />
Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br />
<br />
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />
<br />
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />
<br />
Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br />
<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table><br>Treat yourself at a restaurant, spa, resort and much more with <b><a href="http://track.rediff.com/click?url=___http://dealhojaye.rediff.com?sc_cid=mailsignature___&cmp=signature&lnk=rediffmailsignature&newservice=deals" target ="_new">Rediff Deal ho jaye!</a></b>