<p class="MsoNormal">Hello All</p>

<p class="MsoNormal">I am trying to simulate a protein homodimer.</p>

<p class="MsoNormal">My command lines are:</p>

<p class="MsoNormal">pdb2gmx -f dimer.pdb -p dimer.top -o dimer.gro -ignh -ter
-chainsep interactive</p>

<p class="MsoNormal">grompp -f minim.mdp -c dimer.gro -p dimer.top -o input.tpr</p>

<p class="MsoNormal">mdrun -nice 0 -v -s input.tpr -o minim_traj.trr -c
minimized.gro -e minim_ener.edr</p>

<p class="MsoNormal">editconf -f minimized.gro -o mdrundimer.pdb</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">the mdrun step results in the second chain of the dimer
translocated away from the first chain.<span style="mso-spacerun: yes"> 
</span>I do not know what is causing the translocation.<span style="mso-spacerun: yes">  </span>The dimer should just be completing a
gas phase equilibration.</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">Any help would be appreciated, and please let me know if more
information is required to answer my question.<span style="mso-spacerun:
yes"> </span></p><p class="MsoNormal"><span style="mso-spacerun:
yes">Thank you, </span></p><p class="MsoNormal"><span style="mso-spacerun:
yes">Steve</span></p>