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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 14/06/2011 6:09 PM, Kavyashree M wrote:

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTikBhDSK0_GVVDFjywBzKWUJQR8UAg@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear users, <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmxcheck on the .xtc file shows that simulation has run for

      100ns<br>

      but while calculating energy terms using ener.edr file, it gives

      "nan" error - <br>

    </blockquote>

    <br>

    Sounds like you have managed to calculate only on a subset of your

    data. I'm guessing that g_energy reports the RMSD as calculated from

    a quantity that is updated as the simulation progresses, and when

    the input file you're using doesn't correspond to the whole time

    interval, that quantity computes wrongly.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTikBhDSK0_GVVDFjywBzKWUJQR8UAg@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9e-05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan

      -0.000501989&nbsp; (K)<br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Pressure&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.99914&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.027&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;

      0.0174391&nbsp; (bar)<br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Volume&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 517.755&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0094&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;&nbsp;

      0.010871&nbsp; (nm^3)<br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Density&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1012.53&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.018&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan

      -0.0216399&nbsp; (kg/m^3)<br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 129266&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.039&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;

      -0.216264&nbsp; (kJ/mol)<br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -710705&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;&nbsp;

      -394.425&nbsp; (kJ/mol)<br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -581438&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;&nbsp;

      -394.641&nbsp; (kJ/mol)<br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Coul-SR:Protein-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; -26868.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;&nbsp;

      -674.338&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Coul-14:Protein-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28921.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      47.6164&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Coul-SR:Protein-non-Protein&nbsp;&nbsp; -27393.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1050.26&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Coul-14:Protein-non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      -nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Coul-SR:non-Protein-non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; -742644&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nan&nbsp;&nbsp;

      -622.378&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Coul-14:non-Protein-non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      -nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; (kJ/mol)<br>

      <br>

      an number of data points is only&nbsp; 1978700 compared to actual data

      points<br>

      of 5000001. where could be the error? and is it possible to get

      the missing data<br>

      points? <br>

    </blockquote>

    <br>

    You can't get the missing data from the file from which it is

    missing. Whether you have any other files is something only you

    know.<br>

    <br>

    Also, 5000000 data points from 100ns is collecting data far too

    often for most purposes. Quantities from adjacent time steps are

    strongly correlated, and gathering extra data points that are highly

    correlated with existing data points gains correspondingly little.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTikBhDSK0_GVVDFjywBzKWUJQR8UAg@mail.gmail.com"

      type="cite">Thanks <br>

      With regards<br>

      M. Kavyashree<br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On Tue, Jun 14, 2011 at 11:54 AM,

        Kavyashree M <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:hmkvsri@gmail.com">hmkvsri@gmail.com</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

          padding-left: 1ex;">Dear users,<br>

          <br>

          &nbsp;&nbsp; In one of the simulations I have run, I have transfered<br>

          it from one system to another so some data points were missing<br>

          what I should do now. how to find which data points are

          missing?<br>

          <br>

          Thank you<br>

          With regards<br>

          <font color="#888888">M. Kavyashree<br>

          </font></blockquote>

      </div>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>