<div>Dear Colleagues, </div><div><br></div><div>I want to extract PDB snapshot from trajectory file by following command. It works in 4.0, but not in 4.5</div><div> </div><div>pdb=1akk</div><div>trjconv -f ${pdb}_gromos53a6_MD2.traj.trr -o ${pdb}_gromos53a6_MD2.traj.xtc</div>
<div><br></div><div>trjconv -s ${pdb}_gromos53a6_MD2.tpr -f ${pdb}_gromos53a6_MD2.traj.xtc -dt 20 -b 0 -o ${pdb}_gromos53a6_MD2.traj.nojump.pdb -fit rot+trans -pbc nojump</div><div><br></div><br><div><div>Program trjconv, VERSION 4.5.3</div>
<div>Source code file: gmx_trjconv.c, line: 854</div><div><br></div><div>Fatal error:</div><div>PBC condition treatment does not work together with rotational fit.</div><div>Please do the PBC condition treatment first and then run trjconv in a second step</div>
<div>for the rotational fit.</div><div>First doing the rotational fit and then doing the PBC treatment gives incorrect</div><div>results!</div><div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div>
<div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div><div><br></div><div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div>Shiyong</div><div><br></div>-- <br>
Shiyong Liu<br>------------------------------------------------------------------<br>Biomolecular Physics and Modeling Group, Department of Physics,<br>Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430074, Hubei, China<br>
Tel：86-27-87558335-805<br>------------------------------------------------------------------<br>Chinese Version:<br>------------------------------------------------------------------<br>刘士勇<br>华中科技大学物理学院  生物物理模建小组<br>湖北省武汉市洪山区珞瑜路1037号<br>
邮编：430074<br>电话：86-27-87558335-805<br>-------------------------------------------------------------------<br>
</div>