<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br>I have two questions about using the charmm force field. <br>1. Do we still need to use the two perl scripts, convert_charmm_ to_gromacs.pl and fix_top_for_charmm.pl?<br>2. I got the following note when I tried to do energy minim. with grompp:<br><br>NOTE 1 [file topol.top]:<br>&nbsp; The largest charge group contains 12 atoms.<br>&nbsp; Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge<br>&nbsp; groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge<br>&nbsp; groups can lead to serious cut-off artifacts.<br>&nbsp; For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms.<br>&nbsp; For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc.<br><br>Is this a problem?<br><br>Thanks for your insight!<br><br>Simon<br></td></tr></table>