Hi gmx-users.<br>    I am doing MD simulation with the green fluorescent protein, where confined water molecules exist inside the protein barrel.<br>During the coarse of the simulation i noticed these confined water molecule get exchange with outside bulk water. <br>
<br>Is it possible to monitor or mark the water molecules during the simulations? For my analysis it would be very much useful.<br>Can anyone guide me? Thanks<br><br>Rama<br clear="all"><br><br>