Hi<div><br></div><div>I had a simulation run with 4.0.7, using opls-aa for a protein in water.</div><div><br></div><div>I now use part of the protein coordinates output from the simulation, and use pdb2gmx as:</div><div><br>
</div><div>pdb2gmx -f conf.gro -ff oplsaa -ignh </div><div><br></div><div>pdb2gmx complains that it cannot find HISB. I checked that the topology files in 4.5.3 do not contain HISB, while those in 4.0.7 do. </div><div><br>
</div><div>It does not suffice to create another copy of the HISE topology in the .rtp file and call it HISB, because a number of hydrogen atoms also have been renamed? </div><div><br></div><div>What can be done? I want to use 4.5.3 because I would prefer to retain residue numbering</div>
<div><br></div><div>Maria</div><div><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>
</div>