<div class="gmail_quote">

Dear GROMACS users,<br>
<br>
I am trying to construct a cyclic hexa peptide containing all Ala residues.  During pdb2gmx conversion using the command    (pdb2gmx -ff charmm27 -ignh -f TESTALA.pdb -o TESTALA.gro -ter)  it gave the following error while I am demanding the program to give uncharged termini (option :  None)<br>

<br>
WARNING: atom HN is missing in residue ALA 1 in the pdb file<br>
         You might need to add atom HN to the hydrogen database of residue ALA<br>
         in the file ff???.hdb (see the manual)<br>
<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program pdb2gmx, VERSION 4.0.5<br>
Source code file: pdb2top.c, line: 704<br>
<br>
Fatal error:<br>
There were 1 missing atoms in molecule Protein, if you want to use this incomplete topology anyhow, use the option -missing<br>
<br>
In the .hdb file the atom HN is defined already.  The error is that it is removing the #HN# atom from the Ala 1 residue at the cyclization point.<br>
<br>
Could you suggest me in getting rid off the problem.<br>
<br>
<br>
yours sincerely<br>
Uday.<br>
<br>
Marelli Udaya Kiran<br>
C/o.  Professor Dr. Horst Kessler<br>
Institute for Advanced Study<br>
Department Chemie<br>
Technische Universität München<br>
Lichtenbergstrasse 4<br>
D-85747 Garching, Germany<br>
<br>
Tel.: <a href="tel:%2B49-%280%2989-289-13760" value="+498928913760">+49-(0)89-289-13760</a><br>
Fax: <a href="tel:%2B49-%280%2989-289-13210" value="+498928913210">+49-(0)89-289-13210</a><br>
email: <a href="mailto:kiran.udaya@tum.de">kiran.udaya@tum.de</a><br>
</div><br>