<HTML>

<HEAD>

<META content="text/html; charset=big5" http-equiv=Content-Type>

<META content="OPENWEBMAIL" name=GENERATOR>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<font face="Arial, Helvetica">Dear Chris, 

<br />

<br />

Thank you for your reply. 

<br />

My protein is very stable. 

<br />

<br />

I simulated it in 300ns in 300K before but there was almost no change. 

<br />

That's why I want to do denaturation now. 

<br />

<br />

I want to start a new simulation on the protein which is unfolded. 

<br />

And I'll read the paper you told me. 

<br />

Thank you. 

<br />

<br />

But I don't understand what you recommend me to do. 

<br />

You use 3000K on your protein and the protein unfolded. 

<br />

I use 600K on my protein but the system explode(box become very big and protein locate at corner). 

<br />

<br />I saw the second way on this web, 

<br />http://manual.gromacs.org/online/protunf.html 

<br />But it also useless to me.

<br />

<br />

And in my mdp I use thermostat and barostat, which means my system is NPT. 

<br />

Does anything wrong in my methods? 

<br />

<br />

Sincerely yours, 

<br />

<br />

Hsin-Lin 

<br />

 </font>

</BODY>

</HTML>