
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

    <title></title>

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 06/17/2011 03:27 PM, ITHAYARAJA wrote:<br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

    Use a descriptive subject line.<br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTimXaTVLeF_4u6htihSVzsf4Z-D7Pg@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      <div class="gmail_quote">On 17 June 2011 10:23, ITHAYARAJA <span

          dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:ithayaraja@gmail.com">ithayaraja@gmail.com</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <div><br>

          &nbsp;</div>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

          padding-left: 1ex;">

          Dear Sir,<br>

          Above error was solved but the system has raised a following

          new error, i.e.,<br>

          <br>

          Fatal error:<br>

          52 atoms are not part of any of the T-Coupling groups<br>

          <br>

          How do I find which atom file has problem?<br>

          help me to solve this problem...........<br>

          <br>

          <br clear="all">

          <br>

        </blockquote>

        <div>My position restraint parameter file is <br>

          <br>

          title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cpeptide position restraining

          <br>

          warnings&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10

          <br>

          cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; C:\Program

          Files\CTCBioapps\gromacs3.3\cpp.exe

          <br>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    Get an up-to-date version of GROMACS for much better performance.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTimXaTVLeF_4u6htihSVzsf4Z-D7Pg@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <div class="gmail_quote">

        <div>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES

          <br>

          constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds

          <br>

          integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md

          <br>

          dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp; &nbsp;; ps ! <br>

          nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10000&nbsp;&nbsp; &nbsp;; total 20.0 ps. <br>

          nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1

          <br>

          nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250 &nbsp;&nbsp; &nbsp;;&nbsp; output coordinates every 0.5

          ps <br>

          nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp; &nbsp;:&nbsp; output velocities every 2.0&nbsp;

          ps <br>

          nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0

          <br>

          nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10

          <br>

          nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10

          <br>

          nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10

          <br>

          ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid

          <br>

          rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0

          <br>

          coulombtype&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME <br>

          rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0

          <br>

          rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0

          <br>

          fourierspacing&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12 <br>

          fourier_nx&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>

          fourier_ny&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>

          fourier_nz&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0 <br>

          pme_order&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 6 <br>

          ewald_rtol&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-5 <br>

          optimize_fft&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes <br>

          ; Berendsen temperature coupling is on in three groups

          <br>

          Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen

          <br>

          tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.1&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.1&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.1&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.1 <br>

          tc-grps&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; protein&nbsp; sol&nbsp;&nbsp; &nbsp;FAD&nbsp;&nbsp; &nbsp;NDP&nbsp;&nbsp; &nbsp;GSH <br>

          ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp; &nbsp;300&nbsp;&nbsp; &nbsp;300&nbsp;&nbsp; &nbsp;300 <br>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    Like I said before, go work out what is missing. How can we tell

    what atoms are missing? Also see the advice here <a

      href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats</a><br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTimXaTVLeF_4u6htihSVzsf4Z-D7Pg@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <div class="gmail_quote">

        <div>; Pressure coupling is not on

          <br>

          Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no

          <br>

          pcoupltype&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; isotropic <br>

          tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5

          <br>

          compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5

          <br>

          ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0

          <br>

          ; Generate velocites is on at 300 K.

          <br>

          gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes

          <br>

          gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310.15

          <br>

          gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529/n<br>

        </div>

      </div>

      <br clear="all">

      <br>

      -- <br>

      <br>

      Ithayaraja M,<br>

      Research Scholar,<br>

      Department of Bionformatics,<br>

      Bharathiar University,<br>

      Coimbatore 641 046,<br>

      Tamil Nadu<br>

      India<br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>