
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 18/06/2011 10:36 AM, E. Nihal Korkmaz wrote:

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTikYuFc-zh+ruAkfJxMWRJ2-76eS2w@mail.gmail.com"

      type="cite">Thanks for the reply. <br>

      <br>

      Would that cause any problems in the simulation?</blockquote>

    <br>

    No.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTikYuFc-zh+ruAkfJxMWRJ2-76eS2w@mail.gmail.com"

      type="cite"> It says force 154.9%, does that mean it is applying

      the wrong force?</blockquote>

    <br>

    No, it means calculating the forces is taking an amount of time that

    is significantly different from a calculation that had ideal load

    balance.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTikYuFc-zh+ruAkfJxMWRJ2-76eS2w@mail.gmail.com"

      type="cite">Is it safe to proceed to simulation like that?<br>

    </blockquote>

    <br>

    Yes. Whether you care about efficiency vs throughput is your call to

    make.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTikYuFc-zh+ruAkfJxMWRJ2-76eS2w@mail.gmail.com"

      type="cite">Thanks,<br>

      Nihal<br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On Thu, Jun 16, 2011 at 9:54 PM, Mark

        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

          padding-left: 1ex;">

          <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">

            <div class="im"> On 17/06/2011 12:44 PM, E. Nihal Korkmaz

              wrote:

              <blockquote type="cite">Hi all,<br>

                <br>

                I am trying to run GB model simulation of a small

                protein. I keep getting these errors for every step

                printed to the log file.<br>

                <br clear="all">

                DD&nbsp; load balancing is limited by minimum cell size in

                dimension X<br>

                DD&nbsp; step 35999&nbsp; vol min/aver 0.799! load imb.: force

                154.9%<br>

              </blockquote>

              <br>

            </div>

            Not all systems can efficiently parallelize on arbitrary

            numbers of processors for a given implementation. There's an

            analysis at the top of the .log file that describes the

            issues leading to the minimum cell size. Possibly there's an

            issue there, but more likely you've got not enough work for

            your processors.<br>

            <font color="#888888"> <br>

              Mark</font>

            <div>

              <div class="h5"><br>

                <br>

                <blockquote type="cite">Below i copied my mdp

                  parameters. I'd appreciate any suggestion to help me

                  fix this.<br>

                  <br>

                  Thanks,<br>

                  Nihal<br>

                  <br>

                  <br>

                  integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = sd<br>

                  tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

                  dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>

                  nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000000<br>

                  simulation_part&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

                  init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1 %start from 5ns<br>

                  <br>

                  <br>

                  nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

                  nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

                  nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<br>

                  nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<br>

                  nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<br>

                  <br>

                  xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>

                  energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>

                  comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>

                  ; neighbor searching and vdw/pme setting up<br>

                  nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>

                  ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>

                  pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>

                  rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0<br>

                  <br>

                  coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pme<br>

                  fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>

                  pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 6<br>

                  rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0<br>

                  <br>

                  vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>

                  rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

                  rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0<br>

                  <br>

                  ; cpt control<br>

                  tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>

                  tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>

                  tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>

                  ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0<br>

                  Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>

                  pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>

                  tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

                  compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br>

                  ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

                  <br>

                  ; velocity &amp; temperature control<br>

                  gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>

                  gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0<br>

                  annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

                  constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = hbonds<br>

                  constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs<br>

                  morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

                  <br>

                  <br>

                  -- <br>

                  Elif Nihal Korkmaz<br>

                  <br>

                  Research Assistant <br>

                  University of Wisconsin - Biophysics <br>

                  Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>

                  1101 University Ave, Rm. 8359<br>

                  Madison, WI 53706<br>

                  Phone: &nbsp;<a moz-do-not-send="true"

                    href="tel:608-265-3644" value="+16082653644"

                    target="_blank">608-265-3644</a><br>

                  Email: &nbsp; <a moz-do-not-send="true"

                    href="mailto:korkmaz@wisc.edu" target="_blank">korkmaz@wisc.edu</a><br>

                  <br>

                  <br>

                </blockquote>

                <br>

              </div>

            </div>

          </div>

          <br>

          --<br>

          gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>

          <a moz-do-not-send="true"

            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"

            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

          Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"

            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"

            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>

          before posting!<br>

          Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>

          www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

          Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"

            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"

            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

        </blockquote>

      </div>

      <br>

      <br clear="all">

      <br>

      -- <br>

      Elif Nihal Korkmaz<br>

      <br>

      Research Assistant <br>

      University of Wisconsin - Biophysics <br>

      Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>

      1101 University Ave, Rm. 8359<br>

      Madison, WI 53706<br>

      Phone: &nbsp;608-265-3644<br>

      Email: &nbsp; <a moz-do-not-send="true" href="mailto:korkmaz@wisc.edu"

        target="_blank">korkmaz@wisc.edu</a><br>

      <br>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>