Dear all,<br><br>This may sound stupid, but just to make sure that I am right track about implicit solvent simulations, the set up involves<br>pdb2gmx<br>editconf <br>grompp<br><br>I mean, we still need to define the box dimensions by editconf and apply periodicity, right? <br>
Besides, what type of ensemble would be a good choice (NPT, NVT, etc)? <br><br>Best,<br clear="all"><br>-- <br>Elif Nihal Korkmaz<br><br>Research Assistant <br>University of Wisconsin - Biophysics <br>Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>
1101 University Ave, Rm. 8359<br>
Madison, WI 53706<br>
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