
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 21/06/2011 2:10 AM, E. Nihal Korkmaz wrote:

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTi=+3gUx97CKQXX22J1eBdxPntcgBA@mail.gmail.com"

      type="cite">What would you suggest as a short time step? I was

      using 0.002 ps.</blockquote>

    <br>

    I'd suggest starting with maybe 100ps of 0.0005 ps time steps, but

    that's probably overkill.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTi=+3gUx97CKQXX22J1eBdxPntcgBA@mail.gmail.com"

      type="cite"> And just to make sure, would 5 ns of equilibration be

      enough for a ~110 amino acid long protein?<br>

    </blockquote>

    <br>

    I guess so. It's cheap.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTi=+3gUx97CKQXX22J1eBdxPntcgBA@mail.gmail.com"

      type="cite">Thanks,<br>

      Nihal<br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On Mon, Jun 20, 2011 at 7:41 AM, Mark

        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

          padding-left: 1ex;">

          <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">

            <div class="im"> On 20/06/2011 3:29 PM, E. Nihal Korkmaz

              wrote:

              <blockquote type="cite">I also checked the output of the

                minimization:<br>

                <br>

                Steepest Descents converged to machine precision in 402

                steps,<br>

                but did not reach the requested Fmax &lt; 10.<br>

                Potential Energy&nbsp; = -1.81875038188621e+04<br>

                Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 3.20769543152855e+02 on atom 331<br>

                Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.04356801849931e+01<br>

                <br>

                I assume the structure is not relaxed enough to start a

                simulation. How can I get it minimize further? I

                increased the step size up to 0.1 ps, i still get the

                same result.<br>

              </blockquote>

              <br>

            </div>

            The minimization is probably OK, but a period of

            equilibration at a short time step will probably help smooth

            the process out. Simulations in implicit solvent have few

            explicit degrees of freedom compared to explicit solvent,

            and might be rather more susceptible to equilibration issues

            if the generated velocities are randomly

            not-quite-good-enough.<br>

            <font color="#888888"> <br>

              Mark</font>

            <div>

              <div class="h5"><br>

                <br>

                <blockquote type="cite">Thanks,<br>

                  Nihal<br>

                  <br>

                  <div class="gmail_quote">On Sun, Jun 19, 2011 at 11:48

                    PM, E. Nihal Korkmaz <span dir="ltr">&lt;<a

                        moz-do-not-send="true"

                        href="mailto:enihalkorkmaz@gmail.com"

                        target="_blank">enihalkorkmaz@gmail.com</a>&gt;</span>

                    wrote:<br>

                    <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt

                      0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204,

                      204, 204); padding-left: 1ex;">Dear all,<br>

                      <br>

                      I am trying to simulate a GB simulation of a 112

                      amino acid long protein. I keep getting these

                      errors,<br>

                      <br>

                      Step 27718, time 55.436 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>

                      relative constraint deviation after LINCS:<br>

                      rms 33.319842, max 438.763717 (between atoms 79

                      and 81)<br>

                      bonds that rotated more than 30 degrees:<br>

                      &nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current,

                      constraint length<br>

                      <br>

                      Step 27718, time 55.436 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>

                      relative constraint deviation after LINCS:<br>

                      rms 0.058237, max 1.390675 (between atoms 91 and

                      93)<br>

                      bonds that rotated more than 30 degrees:<br>

                      &nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current,

                      constraint length<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92&nbsp;&nbsp; 50.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1016&nbsp;&nbsp; 0.1065&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1010<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 93&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1002&nbsp;&nbsp; 0.2415&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1010<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 94&nbsp;&nbsp; 70.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1025&nbsp;&nbsp; 0.1066&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1010<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1057&nbsp;&nbsp; 1.0667&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1090<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 81&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.3066&nbsp; 47.9342&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1090<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 86&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1084&nbsp;&nbsp; 0.1758&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1090<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0654&nbsp;&nbsp; 0.1668&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1090<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1097&nbsp;&nbsp; 0.6994&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1090<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1125&nbsp;&nbsp; 0.1097&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1090<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92&nbsp;&nbsp; 50.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1016&nbsp;&nbsp; 0.1065&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1010<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 93&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1002&nbsp;&nbsp; 0.2415&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1010<br>

                      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 94&nbsp;&nbsp; 70.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1025&nbsp;&nbsp; 0.1066&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                      0.1010<br>

                      <br clear="all">

                      <br>

                      I am copying my mdp parameters below, I'd

                      appreciate any suggestions to fix that.<br>

                      <br>

                      integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = sd<br>

                      tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

                      dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>

                      nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2500000<br>

                      simulation_part&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

                      init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

                      <br>

                      nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

                      nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

                      nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<br>

                      nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<br>

                      nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<br>

                      <br>

                      xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>

                      energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>

                      comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>

                      ; neighbor searching and vdw/pme setting up<br>

                      nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>

                      ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>

                      pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>

                      rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0<br>

                      <br>

                      implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = GBSA<br>

                      gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = OBC<br>

                      gb_saltconc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.15<br>

                      rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0<br>

                      <br>

                      coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>

                      fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>

                      pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 6<br>

                      rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0<br>

                      <br>

                      vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>

                      rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

                      rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0<br>

                      <br>

                      ; cpt control<br>

                      tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale<br>

                      tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>

                      tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>

                      ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0<br>

                      <br>

                      Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>

                      pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>

                      tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

                      compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br>

                      ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

                      <br>

                      ; velocity &amp; temperature control<br>

                      gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>

                      gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0<br>

                      annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

                      constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = hbonds<br>

                      constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs<br>

                      morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

                      <br>

                      <br>

                      Thanks,<br>

                      -- <br>

                      Elif Nihal Korkmaz<br>

                      <br>

                      Research Assistant <br>

                      University of Wisconsin - Biophysics <br>

                      Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>

                      1101 University Ave, Rm. 8359<br>

                      Madison, WI 53706<br>

                      Phone: &nbsp;<a moz-do-not-send="true"

                        href="tel:608-265-3644" value="+16082653644"

                        target="_blank">608-265-3644</a><br>

                      Email: &nbsp; <a moz-do-not-send="true"

                        href="mailto:korkmaz@wisc.edu" target="_blank">korkmaz@wisc.edu</a><br>

                      <br>

                      <br>

                    </blockquote>

                  </div>

                  <br>

                  <br clear="all">

                  <br>

                  -- <br>

                  Elif Nihal Korkmaz<br>

                  <br>

                  Research Assistant <br>

                  University of Wisconsin - Biophysics <br>

                  Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>

                  1101 University Ave, Rm. 8359<br>

                  Madison, WI 53706<br>

                  Phone: &nbsp;<a moz-do-not-send="true"

                    href="tel:608-265-3644" value="+16082653644"

                    target="_blank">608-265-3644</a><br>

                  Email: &nbsp; <a moz-do-not-send="true"

                    href="mailto:korkmaz@wisc.edu" target="_blank">korkmaz@wisc.edu</a><br>

                  <br>

                  <br>

                </blockquote>

                <br>

              </div>

            </div>

          </div>

          <br>

          --<br>

          gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>

          <a moz-do-not-send="true"

            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"

            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

          Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"

            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"

            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>

          before posting!<br>

          Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>

          www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

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            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

        </blockquote>

      </div>

      <br>

      <br clear="all">

      <br>

      -- <br>

      Elif Nihal Korkmaz<br>

      <br>

      Research Assistant <br>

      University of Wisconsin - Biophysics <br>

      Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>

      1101 University Ave, Rm. 8359<br>

      Madison, WI 53706<br>

      Phone: &nbsp;608-265-3644<br>

      Email: &nbsp; <a moz-do-not-send="true" href="mailto:korkmaz@wisc.edu"

        target="_blank">korkmaz@wisc.edu</a><br>

      <br>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>