Dear users, <br><br>   I did ED analysis for one of the trajectories, <br>when I visualised the trajectory along the first<br>five eigen vectors using g_nmtraj it does not<br>show much movements. It was a simulation of <br>
100 ns.<br>My doubt is when I visualise the trajectory in <br>pymol calculated just after simulation I could <br>observe large movements in certain regions.<br>same regions do have movements in ED<br>trajectory also but not as large as this.<br>
Why is this?<br><br>Thank you<br>With Regards<br>M. Kavyashree<br><br><br><br>