Dear All, <br><br>I have simulated 6 peptides (with 7 AA each capped in N and C termini) in water and trehalose. During all the simulation time, the six peptides have  b-sheet conformations. I would like  to calculate the average % of secondary structure for the 6 peptides over the course of run. So I have read the subject reported in the following link <a href="http://redmine.gromacs.org/issues/683">http://redmine.gromacs.org/issues/683</a> and used the following command for the two first frames <br>
<h3> /work/sa001/gmx-post4.5.3/bin/do_dssp_mpi -f *-Center_All.xtc -s run_1.tpr -tu ps -dt 1 -b 1 -e 5 -o 6_Peptide_53A6_Trehal_Pref_SS.xpm -sss 6_Peptide_53A6_Trehal_Pref_HEBT.dat -ssdump 6_Peptide_53A6_Trehal_Dump_SS.dat -sc test.xvg<br>
 </h3>I obtained the following output for my six peptides<br><br>@TYPE xy<br>@ subtitle &quot;Structure =  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  + B-Sheet +  +  +  +  +  + &quot;<br>
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>@ legend on<br>@ legend box on<br>@ legend loctype view<br>@ legend 0.78, 0.8<br>@ legend length 2<br>@ s0 legend &quot;Structure&quot;<br>@ s1 legend &quot;Coil&quot;<br>@ s2 legend &quot;B-Sheet&quot;<br>
@ s3 legend &quot;Chain_Separator&quot;<br>       2    30    12    30     5<br>       4    30    12    30     5<br># Totals    60    24    60    10<br># SS %    0.64  0.26  0.64  0.11<br><br><br>I can understand how the %SS values are obtained in the example given in <a href="http://redmine.gromacs.org/issues/683">http://redmine.gromacs.org/issues/683</a>, but not in my case. Could you tell me how the %SS is obtained the output above.<br>
<br>Thank you in advance for your help<br><br>SA<br><br><br><br>