Dear Experts,<br><br>Hi from a beginner in Gromacs, I am trying to 
simulate i-motif so I have primed all the four chains and manually 
created a phosphodiester bond between two i-motif units. <br>all the with Amber/Gromos ff the problem is  :<br>
<br> Fatal error:<br>Atom P in residue DT 1 was not found in rtp entry DT5 with 30 atoms while sorting atoms.<br><br>while Charmm36ff - <br><br><br>Fatal error:<br>There
 is a dangling bond at at least one of the terminal ends and the force 
field does not provide terminal entries or files. Edit a .n.tdb and/or 
.c.tdb file.<br>
<br>while it works well if I use non primed i-motif and only single unit.<br><br>I
 am very new to gromacs and I have only done some simulations of 
Proteins. I am in serious trouble..help required at large scale :)<br><br>
Thank You All<br><font color="#888888"><br>Raghav<br></font>