Dear All,<br><br>I&#39;ve just started using GROMACS, I&#39;ve read the manual and searched the mailing list but still confused. I&#39;m trying to simulate metal oxidation with GROMACS. As a first step, I&#39;m trying to tabulate the EAM (Embedded atom potential), which in addition to residual pair-pair repulsion includes the energy required to embed atom i in a local electron density rho, where rho is defined as:<br>
                                rho_<font size="2">i</font>=SUM{k_j*exp(-beta_j*(r_ij-r*_j)) }<br>k, beta, r*_j are known parameters and the sum runs over all other atoms.<br><br>Is there any way to tabulate the energy functional of such local electron density? <br>
<br>Manana<br><br>Post-graduate student,<br>Aalto University, School of Science<br><br><br><br><br><br>