Ok Thank you Justin for this clarification<br><br><div class="gmail_quote"><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
<br>
<br>
<br>
sa wrote:<br>
&gt; Dear All,<br>
&gt;<br>
&gt; I have simulated 6 peptides (with 7 AA each capped in N and C termini)<br>
&gt; in water and trehalose. During all the simulation time, the six peptides<br>
&gt; have  b-sheet conformations. I would like  to calculate the average % of<br>
&gt; secondary structure for the 6 peptides over the course of run. So I have<br>
&gt; read the subject reported in the following link<br>
&gt; <a href="http://redmine.gromacs.org/issues/683" target="_blank">http://redmine.gromacs.org/issues/683</a> and used the following command for<br>
&gt; the two first frames<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;        /work/sa001/gmx-post4.5.3/bin/do_dssp_mpi -f *-Center_All.xtc -s<br>
&gt;       run_1.tpr -tu ps -dt 1 -b 1 -e 5 -o<br>
&gt;       6_Peptide_53A6_Trehal_Pref_SS.xpm -sss<br>
&gt;       6_Peptide_53A6_Trehal_Pref_HEBT.dat -ssdump<br>
&gt;       6_Peptide_53A6_Trehal_Dump_SS.dat -sc test.xvg<br>
&gt;<br>
&gt; I obtained the following output for my six peptides<br>
&gt;<br>
&gt; @TYPE xy<br>
&gt; @ subtitle &quot;Structure =  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +<br>
&gt; +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  +  + B-Sheet +  +  +  +  +  + &quot;<br>
&gt; @ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>
&gt; @ legend on<br>
&gt; @ legend box on<br>
&gt; @ legend loctype view<br>
&gt; @ legend 0.78, 0.8<br>
&gt; @ legend length 2<br>
&gt; @ s0 legend &quot;Structure&quot;<br>
&gt; @ s1 legend &quot;Coil&quot;<br>
&gt; @ s2 legend &quot;B-Sheet&quot;<br>
&gt; @ s3 legend &quot;Chain_Separator&quot;<br>
&gt;        2    30    12    30     5<br>
&gt;        4    30    12    30     5<br>
&gt; # Totals    60    24    60    10<br>
&gt; # SS %    0.64  0.26  0.64  0.11<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I can understand how the %SS values are obtained in the example given in<br>
&gt; <a href="http://redmine.gromacs.org/issues/683" target="_blank">http://redmine.gromacs.org/issues/683</a>, but not in my case. Could you<br>
&gt; tell me how the %SS is obtained the output above.<br>
&gt;<br>
<br>
Like any other average.  From the code:<br>
<br>
     /* now print percentages */<br>
     fprintf(fp, &quot;%-8s %5.2f&quot;, &quot;# SS %&quot;, total_count / (real) (mat-&gt;nx * mat-&gt;ny));<br>
     for(s=0; s&lt;mat-&gt;nmap; s++)<br>
     {<br>
         fprintf(fp,&quot; %5.2f&quot;,total[s] / (real) (mat-&gt;nx * mat-&gt;ny));<br>
     }<br>
     fprintf(fp,&quot;\n&quot;);<br>
<br>
So the total number of secondary structure elements is divided by the product of<br>
(number of frames * number of total residues).<br>
<br>
Your results are affected by the problem I mentioned in the issue report you<br>
quote.  You have 42 residues, but since chain separators count as residues, the<br>
calculations are all done out of 47 residues instead.  You&#39;ll have to either<br>
modify the code to account for this problem or simply re-calculate the averages<br>
yourself.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; Thank you in advance for your help<br>
&gt;<br>
&gt; SA<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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</blockquote></div><br>