<br><br><div class="gmail_quote">   Dear all,</div><div class="gmail_quote">                I am not finding mistake in that tutorial but I wanted to know where did I go wrong. Until generation of topology for protein there was no problem (I cross checked with the tutorial).</div>
<div class="gmail_quote">After that I edited the box of protein as such. After generating the solvation box I having problem. At least let me know is there different command for input /output *.top file in genbox. Please help me in this regard.</div>
<div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">Thank you.</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">
<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Dear all,<br>            I have been running lyz in water. I have 20 ps pre-equilibrated NVT and 200 ps NPT configuration of spce216 water. I am following the instruction from gromacs tutorial. This is the link for the tutorial,<br>

<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/03_solvate.html" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/03_solvate.html</a><br>
<br>After editing the box for lyz and then I tried to solvate the box with spce216 water. I followed the same instruction but it shows fatal I/O error - topol.top. It was not able to find the input file topol.top. But in this tutorial its an output command. Further it shows 6091 solvent instead of 10832 as per tutorial. Pls help me find the problem. <br clear="all">

<br>Thank you<br><br><div><b>With Regards,</b><b><br></b></div><font color="#888888"><div><b><br></b></div><div><b>Ravi Kumar Venkatraman,</b></div><div><b>c/o Prof. Siva Umapathy,</b><b><br></b></div><div><b>IPC Dept., IISc.,</b></div>
<div><b>Bangalore, INDIA.</b></div>
<div><b>Phone No: +91-9686933963</b></div><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div><b>With Regards,</b><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b>Ravi Kumar Venkatraman,</b></div><div><b>c/o Prof. Siva Umapathy,</b><b><br></b></div><div>
<b>IPC Dept., IISc.,</b></div><div><b>Bangalore, INDIA.</b></div><div><b>Phone No: +91-9686933963</b></div><br>