<div class="gmail_quote">Thank you Mark, what puzzles me here is summation, if it was only one term than it would be clear. <br><br>Generally, if there is no other way than changing the source code which files must be modified?Is there any information about it anywhere?  I found just the list of files but for bonded interaction in the manual. <div>
<br>Thanks again<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
On 28/06/2011 8:49 PM, manana koberidze wrote:<br>
&gt; Dear All,<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;ve just started using GROMACS, I&#39;ve read the manual and searched the<br>
&gt; mailing list but still confused. I&#39;m trying to simulate metal<br>
&gt; oxidation with GROMACS. As a first step, I&#39;m trying to tabulate the<br>
&gt; EAM (Embedded atom potential), which in addition to residual pair-pair<br>
&gt; repulsion includes the energy required to embed atom i in a local<br>
&gt; electron density rho, where rho is defined as:<br>
&gt;                                 rho_i=SUM{k_j*exp(-beta_j*(r_ij-r*_j)) }<br>
&gt; k, beta, r*_j are known parameters and the sum runs over all other atoms.<br>
&gt;<br>
&gt; Is there any way to tabulate the energy functional of such local<br>
&gt; electron density?<br>
<br>
Since it depends only on inter-atomic coordinates, it should be<br>
possible. Before that, get some experience with normal GROMACS simulations.<br>
<br>
Mark<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110628/674b17b6/attachment.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110628/674b17b6/attachment.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 86, Issue 188<br>
******************************************<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><font size="2">Manana Koberidze<br><br></font><font size="2">Graduate Student<br>Department of Applied Physics<br>Aalto University School of Science <br>

P.O.Box 11100<br>
FI-00076 AALTO<br>
Finland<br>
  

Tel:    +358-9-470 23137<br>

E-mail: manana.koberidze (at) <a href="http://aalto.fi" target="_blank">aalto.fi</a><br>

Office: Y229e main building (2nd floor)</font><br>

<font size="2"><br></font>
<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="80%">
<tbody><tr>
<td align="LEFT" valign="TOP"><font size="2">
</font></td></tr></tbody></table><font size="2"><br><br></font><br>