Hi Tsjerk,<br><br>I installed gromacs myself. I put the modified gmx_trjconv.c code in the /src/tools subdirectory where the source code is located and tried the command<br>make trjconv<br>But it gives me a series of error messages, as given below. My gromacs version is 4.0.7. I would like to continue in this version till I finish the set of runs which I have been doing before moving into 4.5.4 version. or else can I do the analysis alone in gromacs 4.5.4 with the xtc files generated from 4.0.7 version?<br>
<br><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 12"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 12"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5CSulatha%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><link rel="themeData" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5CSulatha%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_themedata.thmx"><link rel="colorSchemeMapping" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5CSulatha%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_colorschememapping.xml"><style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;
        mso-font-charset:1;
        mso-generic-font-family:roman;
        mso-font-format:other;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;
        mso-font-charset:0;
        mso-generic-font-family:swiss;
        mso-font-pitch:variable;
        mso-font-signature:-1610611985 1073750139 0 0 159 0;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;
        mso-font-charset:0;
        mso-generic-font-family:modern;
        mso-font-pitch:fixed;
        mso-font-signature:-1610611985 1073750091 0 0 159 0;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-unhide:no;
        mso-style-qformat:yes;
        mso-style-parent:"";
        margin-top:0in;
        margin-right:0in;
        margin-bottom:10.0pt;
        margin-left:0in;
        line-height:115%;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-ascii-font-family:Calibri;
        mso-ascii-theme-font:minor-latin;
        mso-fareast-font-family:Calibri;
        mso-fareast-theme-font:minor-latin;
        mso-hansi-font-family:Calibri;
        mso-hansi-theme-font:minor-latin;
        mso-bidi-font-family:"Times New Roman";
        mso-bidi-theme-font:minor-bidi;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:10.5pt;
        font-family:Consolas;
        mso-fareast-font-family:Calibri;
        mso-fareast-theme-font:minor-latin;
        mso-bidi-font-family:"Times New Roman";
        mso-bidi-theme-font:minor-bidi;}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-unhide:no;
        mso-style-locked:yes;
        mso-style-link:"Plain Text";
        mso-ansi-font-size:10.5pt;
        mso-bidi-font-size:10.5pt;
        font-family:Consolas;
        mso-ascii-font-family:Consolas;
        mso-hansi-font-family:Consolas;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        mso-default-props:yes;
        mso-ascii-font-family:Calibri;
        mso-ascii-theme-font:minor-latin;
        mso-fareast-font-family:Calibri;
        mso-fareast-theme-font:minor-latin;
        mso-hansi-font-family:Calibri;
        mso-hansi-theme-font:minor-latin;
        mso-bidi-font-family:"Times New Roman";
        mso-bidi-theme-font:minor-bidi;}
.MsoPapDefault
        {mso-style-type:export-only;
        margin-bottom:10.0pt;
        line-height:115%;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;
        mso-header-margin:.5in;
        mso-footer-margin:.5in;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

<p class="MsoPlainText"><span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">make trjconv<br>
/bin/sh ../../libtool --tag=CC<span style="">&nbsp;&nbsp;
</span>--mode=compile cc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../../src -I/usr/include/libxml2
-I../../include -DGMXLIBDIR=\&quot;/usr/local/gromacs/share/top\&quot;<span style="">&nbsp;&nbsp; </span>-O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions
-Wall -Wno-unused -funroll-all-loops -MT gmx_trjconv.lo -MD -MP -MF
.deps/gmx_trjconv.Tpo -c -o gmx_trjconv.lo gmx_trjconv.c<br>
<span style="">&nbsp;</span>cc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../../src
-I/usr/include/libxml2 -I../../include
-DGMXLIBDIR=\&quot;/usr/local/gromacs/share/top\&quot; -O3 -fomit-frame-pointer
-finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops -MT gmx_trjconv.lo -MD
-MP -MF .deps/gmx_trjconv.Tpo -c gmx_trjconv.c -o gmx_trjconv.o<br>
gmx_trjconv.c: In function &lsquo;taw_pbc_cluster&rsquo;:<br>
gmx_trjconv.c:91: error: &lsquo;gmx_bool&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:91: error: (Each undeclared identifier is reported only
once<br>
gmx_trjconv.c:91: error: for each function it appears in.)<br>
gmx_trjconv.c:91: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bClustered&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:148: error: &lsquo;bClustered&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c: In function &lsquo;calc_pbc_cluster&rsquo;:<br>
gmx_trjconv.c:214: error: &lsquo;gmx_bool&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:214: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bChanged&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:220: error: &lsquo;bMol&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:220: error: &lsquo;bTmp&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:333: error: &lsquo;bChanged&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c: In function &lsquo;put_residue_com_in_box&rsquo;:<br>
gmx_trjconv.c:442: error: &lsquo;t_atom&rsquo; has no member named &lsquo;resind&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:465: error: &lsquo;t_atom&rsquo; has no member named &lsquo;resind&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:483: error: &lsquo;t_atom&rsquo; has no member named &lsquo;resind&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c: In function &lsquo;do_trunc&rsquo;:<br>
gmx_trjconv.c:542: error: &lsquo;t_fileio&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:542: error: &lsquo;in&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:544: error: &lsquo;gmx_bool&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:544: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bStop&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:546: error: &lsquo;gmx_off_t&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:546: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;fpos&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:557: warning: passing argument 1 of &lsquo;open_trn&rsquo; discards
qualifiers from pointer target type<br>
gmx_trjconv.c:564: error: &lsquo;fpos&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:565: error: &lsquo;bStop&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:566: error: &lsquo;bOK&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:568: warning: implicit declaration of function &lsquo;gmx_ftell&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:571: warning: implicit declaration of function &lsquo;gmx_fseek&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c: In function &lsquo;gmx_trjconv&rsquo;:<br>
gmx_trjconv.c:758: error: expected &lsquo;=&rsquo;, &lsquo;,&rsquo;, &lsquo;;&rsquo;, &lsquo;asm&rsquo; or &lsquo;__attribute__&rsquo;
before &lsquo;bAppend&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:758: error: &lsquo;bAppend&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:758: error: &lsquo;bSeparate&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:758: error: &lsquo;bVels&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:758: error: &lsquo;bForce&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:758: error: &lsquo;bCONECT&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:759: error: expected &lsquo;=&rsquo;, &lsquo;,&rsquo;, &lsquo;;&rsquo;, &lsquo;asm&rsquo; or &lsquo;__attribute__&rsquo;
before &lsquo;bCenter&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:759: error: &lsquo;bCenter&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:765: error: expected &lsquo;=&rsquo;, &lsquo;,&rsquo;, &lsquo;;&rsquo;, &lsquo;asm&rsquo; or &lsquo;__attribute__&rsquo;
before &lsquo;bRound&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:765: error: &lsquo;bRound&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:855: error: &lsquo;t_trxstatus&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:855: error: &lsquo;trxout&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:855: error: invalid operands to binary *<br>
gmx_trjconv.c:856: error: &lsquo;status&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:856: error: invalid operands to binary *<br>
gmx_trjconv.c:878: error: &lsquo;clust_status&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:878: error: invalid operands to binary *<br>
gmx_trjconv.c:885: error: &lsquo;gmx_bool&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:885: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bFit&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:887: error: &lsquo;gmx_rmpbc_t&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:887: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;gpbc&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:888: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bRmPBC&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:889: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bCopy&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:890: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bExec&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:891: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bHaveFirstFrame&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:892: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bSubTraj&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:893: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bWriteFrame&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:900: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;bWarnCompact&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:902: error: &lsquo;output_env_t&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:902: error: expected &lsquo;;&rsquo; before &lsquo;oenv&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:920: error: &lsquo;oenv&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:920: warning: passing argument 9 of &lsquo;parse_common_args&rsquo; from
incompatible pointer type<br>
gmx_trjconv.c:920: error: too many arguments to function
&lsquo;parse_common_args&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:935: error: &lsquo;bSetBox&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:936: error: &lsquo;bSetTime&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:937: error: &lsquo;bSetPrec&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:938: error: &lsquo;bSetUR&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:939: error: &lsquo;bExec&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:940: error: &lsquo;bTimeStep&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:941: error: &lsquo;bTDump&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:942: error: &lsquo;bDropUnder&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:943: error: &lsquo;bDropOver&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:944: error: &lsquo;bTrans&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:945: error: &lsquo;bSplit&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:948: warning: passing argument 1 of &lsquo;nenum&rsquo; from incompatible
pointer type<br>
gmx_trjconv.c:949: error: &lsquo;bFit&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:950: error: &lsquo;bFitXY&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:951: error: &lsquo;bReset&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:952: error: &lsquo;bPFit&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:953: warning: passing argument 1 of &lsquo;nenum&rsquo; from incompatible
pointer type<br>
gmx_trjconv.c:954: error: &lsquo;bPBCWhole&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:955: error: &lsquo;bPBCcomRes&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:956: error: &lsquo;bPBCcomMol&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:957: error: &lsquo;bPBCcomAtom&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:958: error: &lsquo;bNoJump&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:959: error: &lsquo;bCluster&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:960: error: &lsquo;bPBC&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:961: warning: passing argument 1 of &lsquo;nenum&rsquo; from incompatible pointer
type<br>
gmx_trjconv.c:962: warning: passing argument 1 of &lsquo;nenum&rsquo; from incompatible
pointer type<br>
gmx_trjconv.c:970: error: &lsquo;bRmPBC&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:995: error: &lsquo;bIndex&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1002: error: &lsquo;bNeedPrec&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1018: error: &lsquo;bSubTraj&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1039: error: incompatible types in assignment<br>
gmx_trjconv.c:1049: error: &lsquo;bTPS&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:1058: warning: passing argument 1 of &lsquo;read_tps_conf&rsquo; discards
qualifiers from pointer target type<br>
gmx_trjconv.c:1075: warning: implicit declaration of function
&lsquo;gmx_conect_generate&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1075: warning: assignment makes pointer from integer without a
cast<br>
gmx_trjconv.c:1077: error: &lsquo;gpbc&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:1077: warning: implicit declaration of function
&lsquo;gmx_rmpbc_init&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1121: warning: passing argument 1 of &lsquo;read_first_frame&rsquo; from
incompatible pointer type<br>
gmx_trjconv.c:1121: warning: passing argument 2 of &lsquo;read_first_frame&rsquo; from
incompatible pointer type<br>
gmx_trjconv.c:1121: warning: passing argument 3 of &lsquo;read_first_frame&rsquo; from
incompatible pointer type<br>
gmx_trjconv.c:1121: warning: passing argument 4 of &lsquo;read_first_frame&rsquo; makes
integer from pointer without a cast<br>
gmx_trjconv.c:1121: error: too many arguments to function
&lsquo;read_first_frame&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1124: warning: passing argument 1 of &lsquo;close_trj&rsquo; makes integer
from pointer without a cast<br>
gmx_trjconv.c:1144: warning: implicit declaration of function &lsquo;gmx_rmpbc&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1167: error: &lsquo;t_atoms&rsquo; has no member named &lsquo;resinfo&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1168: error: &lsquo;t_atoms&rsquo; has no member named &lsquo;resinfo&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1168: error: &lsquo;t_atoms&rsquo; has no member named &lsquo;resinfo&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1172: error: &lsquo;t_atom&rsquo; has no member named &lsquo;resind&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1172: warning: comparison between pointer and integer<br>
gmx_trjconv.c:1172: error: &lsquo;t_atom&rsquo; has no member named &lsquo;resind&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1172: warning: pointer/integer type mismatch in conditional
expression<br>
gmx_trjconv.c:1172: warning: assignment makes integer from pointer without a
cast<br>
gmx_trjconv.c:1187: error: &lsquo;bHaveFirstFrame&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1187: warning: passing argument 1 of &lsquo;read_first_frame&rsquo; from
incompatible pointer type<br>
gmx_trjconv.c:1187: warning: passing argument 2 of &lsquo;read_first_frame&rsquo; from
incompatible pointer type<br>
gmx_trjconv.c:1187: warning: passing argument 3 of &lsquo;read_first_frame&rsquo; from
incompatible pointer type<br>
gmx_trjconv.c:1187: warning: passing argument 4 of &lsquo;read_first_frame&rsquo; makes
integer from pointer without a cast<br>
gmx_trjconv.c:1187: error: too many arguments to function
&lsquo;read_first_frame&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1208: warning: implicit declaration of function
&lsquo;gmx_fexist&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1220: warning: passing argument 1 of &lsquo;open_trx&rsquo; discards
qualifiers from pointer target type<br>
gmx_trjconv.c:1230: error: &lsquo;bCopy&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1249: warning: implicit declaration of function
&lsquo;trx_get_fileio&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1258: error: &lsquo;bDTset&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1303: error: &lsquo;bDumpFrame&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1337: warning: implicit declaration of function
&lsquo;gmx_rmpbc_trxfr&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1360: error: &lsquo;bWriteFrame&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1390: warning: implicit declaration of function
&lsquo;output_env_conv_time&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1390: warning: implicit declaration of function
&lsquo;output_env_get_time_unit&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1390: warning: format &lsquo;%g&rsquo; expects type &lsquo;double&rsquo;, but argument 3
has type &lsquo;int&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1390: warning: format &lsquo;%s&rsquo; expects type &lsquo;char *&rsquo;, but argument 4
has type &lsquo;int&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1393: error: &lsquo;bDoIt&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1408: warning: format &lsquo;%8.3f&rsquo; expects type &lsquo;double&rsquo;, but argument
4 has type &lsquo;int&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1441: error: &lsquo;bWarnCompact&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1489: error: &lsquo;bSplitHere&rsquo; undeclared (first use in this
function)<br>
gmx_trjconv.c:1507: warning: passing argument 1 of &lsquo;close_trx&rsquo; makes integer
from pointer without a cast<br>
gmx_trjconv.c:1515: error: incompatible types in assignment<br>
gmx_trjconv.c:1523: error: incompatible type for argument 1 of
&lsquo;write_trxframe&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1523: error: too many arguments to function
&lsquo;write_trxframe&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1528: error: incompatible type for argument 1 of
&lsquo;close_trx&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1537: warning: passing argument 1 of &lsquo;write_trxframe&rsquo; makes integer
from pointer without a cast<br>
gmx_trjconv.c:1537: error: too many arguments to function
&lsquo;write_trxframe&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1562: error: too many arguments to function &lsquo;write_pdbfile&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1611: error: &lsquo;bHaveNextFrame&rsquo; undeclared (first use in this function)<br>
gmx_trjconv.c:1611: warning: passing argument 1 of &lsquo;read_next_frame&rsquo; makes
integer from pointer without a cast<br>
gmx_trjconv.c:1611: warning: passing argument 2 of &lsquo;read_next_frame&rsquo; from
incompatible pointer type<br>
gmx_trjconv.c:1611: error: too many arguments to function
&lsquo;read_next_frame&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1620: warning: passing argument 1 of &lsquo;close_trj&rsquo; makes integer
from pointer without a cast<br>
gmx_trjconv.c:1622: warning: implicit declaration of function
&lsquo;gmx_rmpbc_done&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1625: warning: passing argument 1 of &lsquo;close_trx&rsquo; makes integer
from pointer without a cast<br>
gmx_trjconv.c:1630: error: used struct type value where scalar is
required<br>
gmx_trjconv.c:1631: error: incompatible type for argument 1 of
&lsquo;close_trx&rsquo;<br>
gmx_trjconv.c:1635: warning: passing argument 1 of &lsquo;do_view&rsquo; from incompatible
pointer type<br>
gmx_trjconv.c:1635: warning: passing argument 2 of &lsquo;do_view&rsquo; discards
qualifiers from pointer target type<br>
gmx_trjconv.c:1635: error: too many arguments to function &lsquo;do_view&rsquo;<br>
make: *** [gmx_trjconv.lo] Error 1<br>
</span></p>

<br>Thanks,<br>Sulatha<br><br><br><br><div class="gmail_quote">2011/6/30 Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Sulatha,<br><br>Did you install gromacs yourself or are you using a system wide installation?<br><br>A. I installed myself<br><br>In that case you go into the directory where you have put the gromacs source code and put the modified version of gmx_trjconv.c in the subdirectory src/tools. Then you go into that directory and type &#39;make trjconv&#39; <br>

<br>B. I just used what was available already<br><br>If you&#39;re good friends with the system administrator you can ask him/her to compile the modified trjconv, as under A.<br>Otherwise, you&#39;d better install gromacs yourself as explained on the gromacs site and then go to A.<br>

<br>Hope it helps,<br><br>Tsjerk<br><br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="h5">On Thu, Jun 30, 2011 at 10:10 AM, gregory megariotis <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmegariotis@yahoo.gr" target="_blank">gmegariotis@yahoo.gr</a>&gt;</span> wrote:<br>

</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">
Dear Sulatha, <br><br>You can try the command <span></span><span style="font-style: italic;">trjconv -f a.xtc -o
b.gro -pbc cluster -e 0.002</span> with GROMACS 4.5.4. <br><br>Best regrds <br><br>Grigoris<br><br>--- Στις <b>Πέμ., 30/06/11, ο/η sulatha M. S <i>&lt;<a href="mailto:mssulatha@gmail.com" target="_blank">mssulatha@gmail.com</a>&gt;</i></b> έγραψε:<br>

<blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>Από: sulatha M. S &lt;<a href="mailto:mssulatha@gmail.com" target="_blank">mssulatha@gmail.com</a>&gt;<br>Θέμα: [gmx-users] micelle clustering<br>

Προς: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Ημερομηνία: Πέμπτη, 30 Ιούνιος 2011, 9:18<div><div></div><div><br>
<br><div>

<p>Hi all,<br></p><p>I have simulated a system of randomly dispersed surfactants in
water using gromacs (4.0.7) for about 100 ns MD. Micelles are formed after
around 40 ns. <span>&nbsp;</span>I am using a time step of
0.002 fs with xtc files written every 500 steps. For analyzing the micellar
properties, I tried the commands given in </p>

<pre><a rel="nofollow" href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Micelle_Clustering" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Micelle_Clustering</a></pre>

<p>and also looked at the various posts given on this topic, (specifically
Chris Neale&rsquo;s and Tsjerk&rsquo;s mails).</p>

<p>As posted by Chris Neale, I tried using the commands,</p>

<pre>1. trjconv -f a.xtc -o b.gro -pbc cluster -e 0.001 (make sure to just<span>&nbsp; </span></pre><pre>get one frame)</pre><pre>2. grompp -f a.mdp -c b.gro -p a.top -o b.tpr</pre><pre>3. trjconv -f a.xtc -o b.xtc -s b.tpr -pbc nojump</pre>




<p>&nbsp;</p>

<p>Also mentioned in Tsjerk&rsquo; post that</p>

<pre>&ldquo;When doing so, be sure to use a frame which is close enough to the</pre><pre>starting frame in terms of the coordinates. -pbc nojump works based on</pre><pre>the coordinates and if you use a reference which doesn&#39;t match the</pre>


<pre>starting frame close enough everything can get really messed up&rdquo;.</pre><pre>&nbsp;</pre><pre>&nbsp;</pre>

<p>I tried the command 1 with </p>

<p><span>&nbsp;</span>trjconv -f a.xtc -o
b.gro -pbc cluster -e 0.002 </p>

<p>and also</p>

<p><span>&nbsp;</span>trjconv -f a.xtc -o
b.gro -pbc cluster &ndash;dump X (where x=2, 4, 6, 8 etc..)</p>

<p>The program gets into a never ending loop. </p>

<p>I also tried the command 1 on a later part of the trajectory
(after 40 ns), there also the program enters in a indefinite loop.</p>

<p>I will greatly appreciate any help on how to go about doing
this specifically which frame (for dump or &ndash;e argument) .<span>&nbsp; </span>Please guide me on this.</p>

<p>I also downloaded the modified trjconv.c<span>&nbsp; </span>by Tsjerk (in one of his posts on micelle
clustering), but do not know where to incorporate this. I need some help on how
to use this modified trjconv code.</p><p><br></p><p>Thanks for any help or clue,<br></p><p>Sulatha</p><p><br></p>

</div><br></div></div>-----Ακολουθεί συνημμένο-----<br><br><div>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a href="http://mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>

www interface or send it to <a href="http://mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div>

</blockquote></td></tr></tbody></table><br></div></div>--<div class="im"><br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>

<br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>* Zernike Institute for Advanced Materials<br>University of Groningen<br>The Netherlands<br>


<br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>