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<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>

Dear Users ! <br><br>Now i am able to do the protein solvent interaction ! <br><br>thanks ! i have understood !<br><br>when i used the energygrps&nbsp; , <br>when i used the <br>g_energy -f em.edr<br><br>this command it prints all terms and asks to make selection as below, <br><br>&nbsp;1&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; Proper-Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; Ryckaert-Bell.<br>&nbsp; 5&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; LJ-(LR)<br>&nbsp; 9&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Coul.-recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; Pressure<br>&nbsp;13&nbsp; Vir-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; Vir-YX<br>&nbsp;17&nbsp; Vir-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; Vir-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; Vir-ZY<br>&nbsp;21&nbsp; Vir-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; Pres-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; Pres-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; Pres-XZ<br>&nbsp;25&nbsp; Pres-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; Pres-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; Pres-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; Pres-ZX<br>&nbsp;29&nbsp; Pres-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; Pres-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; #Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; Mu-X<br>&nbsp;33&nbsp; Mu-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp; Mu-Z<br>&nbsp;35&nbsp; Coul-SR:Protein-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp; LJ-SR:Protein-Protein<br>&nbsp;37&nbsp; LJ-LR:Protein-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; Coul-14:Protein-Protein<br>&nbsp;39&nbsp; LJ-14:Protein-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; Coul-SR:Protein-SOL<br>&nbsp;41&nbsp; LJ-SR:Protein-SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; LJ-LR:Protein-SOL<br>&nbsp;43&nbsp; Coul-14:Protein-SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp; LJ-14:Protein-SOL<br>&nbsp;45&nbsp; Coul-SR:SOL-SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp; LJ-SR:SOL-SOL<br>&nbsp;47&nbsp; LJ-LR:SOL-SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp; Coul-14:SOL-SOL<br>&nbsp;49&nbsp; LJ-14:SOL-SOL&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; T-rest<br><br>-------------------------------------------------------<br><br>how one can write this all to a file ! <br><br>thanks in advance ! <br><br><br><br>                                               </div></body>

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