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<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
<br><br><br>Dear Users ! <br><br>i would like to do this to a set of files ! <br>so how to print the required values in the text mode or is there any flag for this in <br>g_energy , <br><br>thanks in advance <br><br><br><div>&gt; Date: Fri, 1 Jul 2011 13:40:28 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] interaction energy<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; balaji nagarajan wrote:<br>&gt; &gt; Dear Users !<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Now i am able to do the protein solvent interaction !<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; thanks ! i have understood !<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; when i used the energygrps  ,<br>&gt; &gt; when i used the<br>&gt; &gt; g_energy -f em.edr<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; this command it prints all terms and asks to make selection as below,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;  1  Bond             2  Angle            3  Proper-Dih.      4  <br>&gt; &gt; Ryckaert-Bell.<br>&gt; &gt;   5  LJ-14            6  Coulomb-14       7  LJ-(SR)          8  LJ-(LR)<br>&gt; &gt;   9  Coulomb-(SR)    10  Coul.-recip.    11  Potential       12  Pressure<br>&gt; &gt;  13  Vir-XX          14  Vir-XY          15  Vir-XZ          16  Vir-YX<br>&gt; &gt;  17  Vir-YY          18  Vir-YZ          19  Vir-ZX          20  Vir-ZY<br>&gt; &gt;  21  Vir-ZZ          22  Pres-XX         23  Pres-XY         24  Pres-XZ<br>&gt; &gt;  25  Pres-YX         26  Pres-YY         27  Pres-YZ         28  Pres-ZX<br>&gt; &gt;  29  Pres-ZY         30  Pres-ZZ         31  #Surf*SurfTen   32  Mu-X<br>&gt; &gt;  33  Mu-Y                                34  Mu-Z<br>&gt; &gt;  35  Coul-SR:Protein-Protein             36  LJ-SR:Protein-Protein<br>&gt; &gt;  37  LJ-LR:Protein-Protein               38  Coul-14:Protein-Protein<br>&gt; &gt;  39  LJ-14:Protein-Protein               40  Coul-SR:Protein-SOL<br>&gt; &gt;  41  LJ-SR:Protein-SOL                   42  LJ-LR:Protein-SOL<br>&gt; &gt;  43  Coul-14:Protein-SOL                 44  LJ-14:Protein-SOL<br>&gt; &gt;  45  Coul-SR:SOL-SOL                     46  LJ-SR:SOL-SOL<br>&gt; &gt;  47  LJ-LR:SOL-SOL                       48  Coul-14:SOL-SOL<br>&gt; &gt;  49  LJ-14:SOL-SOL   50  T-rest<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; how one can write this all to a file !<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; As prompted by g_energy:<br>&gt; <br>&gt; "Select the terms you want from the following list by<br>&gt; selecting either (part of) the name or the number or a combination.<br>&gt; End your selection with an empty line or a zero."<br>&gt; <br>&gt; Writing all terms to the same output file will result in nothing but an <br>&gt; incoherent mess.  Choose terms wisely based on what you actually need to analyze.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br></div>                                               </div></body>
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