<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Justin,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank you for your patience reply.<br>When i use g_morph i have got rms-interm.xvg&nbsp; file. the second and third colum of this represents what value. i am not able to understand this<br>Also With reference to what structure the rmsd&nbsp; is calculated <br>I am expecting your reply<br>Thanks in advance<br><br></td></tr></table>