Dear Justin,<br><br>can you suggest me published paper related to about hydrophobic and hydrophilic contacts?<br><br><div class="gmail_quote">03 Temmuz 2011 00:24 tarihinde Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> yazdı:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
ahmet yıldırım wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear Justin,<br>
<br>
You said before &quot;you can obtain some idea by using g_mindist to calculate hydrophobic and hydrophilic contacts between the protein and ligand&quot;.<br>
<br>
That is, I can explore whether there is hydrophobic or hydrophilic feature of ligand using g_mindist tool. is this correct?<br>
I did the calculations related to protein_ligand interactions (protein contains two ligand). I plotted the graphs of distance and numcount versus simulation time for each ligand. The number of contacts in  ligand x is more than the other ligand y. Which of this ligands are hydrophobic? Which is hydrophilic? I know you are not private tutor. Please don&#39;t be angry :(<br>

<br>
</blockquote>
<br></div></div>
I certainly hope I haven&#39;t given the impression that I&#39;m some angry tyrant.  I&#39;m happy to answer reasonable questions across the list, time permitting.<br>
<br>
To obtain information about hydrophobic and hydrophilic contacts, you need to use special index groups that tell g_mindist (or any other tool) which atoms to consider.  In this way, you can count how many of each type of contact evolve over time.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br><font color="#888888">
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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>